Download Manuel Pubmed V4 - Portail documentaire
Transcript
Manuel d’utilisation de Pubmed Utilisation de la base bibliographique Medline via l’interface d’interrogation Pubmed Florence Poncet Ce manuel est sous contrat Creative Commons Version 4 01/08/2012 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 04 Fax : 04 72 11 29 87 sa.documentationcentrale@chu [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 1/103 Sommaire UTILISATION DE LA BASE BIBLIOGRAPHIQUE MEDLINE VIA L’INTERFACE D’INTERROGATION PUBMED .............. 1 1. PRESENTATION DE PUBMED ............................................................................................................... 5 2. EFFECTUER UNE RECHERCHE SIMPLE AVEC PUBMED, ETAPE PAR ETAPE ...................... 7 2.1 PUBMED NE FONCTIONNE PAS COMME GOOGLE .................................................................................... 7 2.2 PUBMED MOBILE ET APPLICATION IPHONE (POUR INFORMATION) ........................................................ 7 2.3 LE MESH .............................................................................................................................................. 8 2.3.1 Présentation .................................................................................................................................. 8 2.3.2 Comment trouver les termes MeSH pour effectuer une recherche................................................ 9 A PARTIR DU FRANÇAIS ....................................................................................................................................... 9 LE MODULE « TERMINOLOGIE » DU CISMEF ...................................................................................................... 9 LE MESH BILINGUE DE L’INSERM .................................................................................................................. 15 DIRECTEMENT EN ANGLAIS ............................................................................................................................... 16 LANCER UNE RECHERCHE ................................................................................................................................. 23 2.4 COMBINER LES MOTS-CLES ET CONSTRUIRE UNE EQUATION DE RECHERCHE ...................................... 25 2.4.1 Les opérateurs booléens ............................................................................................................. 25 L’OPERATEUR AND (ET).................................................................................................................................. 25 L’OPERATEUR OR (OU) .................................................................................................................................... 27 L’OPERATEUR NOT (SAUF) ............................................................................................................................. 27 2.5 ECRIRE DIRECTEMENT UNE EQUATION DE RECHERCHE ....................................................................... 29 3. AFFICHAGE DES RESULTATS ET ACCES AUX ARTICLES EN TEXTE INTEGRAL ............. 30 3.1 LE FORMAT « SUMMARY » ................................................................................................................. 30 3.2 MODIFIER LES PARAMETRE D’AFFICHAGE DES REFERENCES ............................................................... 32 3.2.1 Le menu « Display Settings » ...................................................................................................... 32 3.2.2 Afficher le résumé, accéder à l’article original, et trouver les termes MeSH associés avec le format « Abstract » ...................................................................................................................................... 33 3.2.3 Accéder aux articles en texte intégral ......................................................................................... 35 3.2.4 Le format « Medline » ................................................................................................................. 36 3.2.5 Les formats « Summary (text) » et « Abstract (text) » ................................................................. 36 4. TRIER LES RESULTATS AVEC LES FILTRES. LE FILTRE HOSPICES CIVILS DE LYON ... 36 5. SAUVEGARDER ET IMPRIMER LES RESULTATS, LES AFFICHER SOUS LA FORME D’UN FLUX RSS ........................................................................................................................................................... 38 5.1 5.2 5.3 6. LE MENU « SEND TO » ........................................................................................................................ 38 IMPRIMER LES RESULTATS .................................................................................................................. 39 CREER UN FLUX RSS .......................................................................................................................... 40 COMBINER ET AFFINER LES RECHERCHES AVEC LE MENU « ADVANCED SEARCH » .. 43 6.1 CONSTRUIRE UNE EQUATION DE RECHERCHE COMPRENANT PLUSIEURS CRITERES AVEC LE « SEARCH BUILDER » ........................................................................................................................................................ 44 6.1.1 Choisir un critère de recherche comme l’auteur ........................................................................ 44 6.1.2 Combiner plusieurs critères de recherche : auteur, termes MeSH et date de publication ......... 46 6.2 COMBINER PLUSIEURS EQUATIONS AVEC L’HISTORIQUE DES RECHERCHES, « SEARCH HISTORY » .... 48 7. VISUALISER L’EQUATION DE RECHERCHE AVEC L’ENCART « SEARCH DETAILS » ..... 49 8. RECHERCHER UNE REFERENCE ...................................................................................................... 51 8.1 AVEC LE PMID DE L’ARTICLE ............................................................................................................ 51 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 2/103 Sommaire 8.2 9. AVEC L’OUTIL « SINGLE CITATION MATCHER » ................................................................................. 51 RECHERCHER UNE REVUE AVEC L’OUTIL « JOURNALS DATABASE » ............................... 53 10. SAUVEGARDER SES RECHERCHES ET SES REFERENCES ET REALISER UNE VEILLE EN CREANT UN COMPTE « MY NCBI » ............................................................................................................ 54 10.1 10.2 10.3 10.4 10.5 11. CREER UN COMPTE « MY NCBI » ....................................................................................................... 54 SAUVEGARDER UNE RECHERCHE ........................................................................................................ 57 SAUVEGARDER DES REFERENCES, CREER DES COLLECTIONS ET UNE BIBLIOGRAPHIE ......................... 58 AJOUTER DES FILTRES POUR TRIER LES ARTICLES ............................................................................... 63 PREFERENCES ..................................................................................................................................... 69 RECHERCHER SUR PUBMED, MODE EXPERT .............................................................................. 71 11.1 ECRIRE UNE EQUATION DE RECHERCHE .............................................................................................. 71 LES PRINCIPAUX CHAMPS .................................................................................................................................. 72 TYPES DE DOCUMENTS ...................................................................................................................................... 74 11.2 RECHERCHER SANS UTILISER DES TERMES DU MESH ......................................................................... 78 11.2.1 Recherche sur les mots du titre et du résumé .............................................................................. 78 11.2.2 Recherche d’articles très récents encore non indexés avec les termes MeSH ............................ 78 11.2.3 Recherche en utilisant le « mapping » ........................................................................................ 80 11.2.4 Recherche d’une expression........................................................................................................ 81 11.2.5 Recherche en utilisant la troncature ........................................................................................... 83 11.2.6 Les Stopwords ............................................................................................................................. 83 11.3 AUTRES TYPES DE RECHERCHES.......................................................................................................... 83 11.3.1 Pondération ................................................................................................................................ 83 11.3.2 Recherche d’informations sur les essais cliniques et la médecine fondée sur preuve ................ 84 11.3.3 Equations combinant plusieurs opérateurs booléens.................................................................. 86 12. EXERCICES .............................................................................................................................................. 88 12.1 QUESTIONS ......................................................................................................................................... 88 12.1.1 Trouver les termes MeSH correspondants .................................................................................. 88 12.1.2 Ecrire les équations de recherche correspondantes I ................................................................. 88 12.1.3 Modifier le format d’affichage, télécharger un article, imprimer une référence, réaliser une veille 89 12.1.4 Retrouver les notices des articles suivants.................................................................................. 89 12.1.5 Revues ......................................................................................................................................... 90 12.1.6 Ecrire les équations de recherche correspondantes II................................................................ 90 12.2 REPONSES ........................................................................................................................................... 91 12.2.1 Termes Mesh ............................................................................................................................... 91 12.2.2 Equations de recherche I ............................................................................................................ 92 12.2.3 Modifier le format d’affichage, télécharger un article, imprimer une référence, réaliser une veille 93 12.2.4 Notices des articles ..................................................................................................................... 94 12.2.5 Revues ......................................................................................................................................... 96 12.2.6 Equations de recherche II ........................................................................................................... 96 13. POUR ALLER PLUS LOIN… ................................................................................................................. 99 13.1 SUR PUBMED ...................................................................................................................................... 99 13.1.1 Tutoriels ...................................................................................................................................... 99 13.1.2 Ouvrages et articles .................................................................................................................. 100 13.1.3 Blogs ......................................................................................................................................... 100 13.2 ANALYSE DE LA LITTERATURE ET EVIDENCE BASED MEDICINE ......................................................... 101 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 3/103 Sommaire 14. INFORMATIONS SUPPLEMENTAIRES ET CREDITS .................................................................. 102 CONTACTER LA DOCUMENTATION CENTRALE ................................................................................................ 102 REDACTION ..................................................................................................................................................... 102 RELECTURE ..................................................................................................................................................... 102 CONDITIONS D’UTILISATION ........................................................................................................................... 102 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 4/103 1. Présentation de Pubmed Medline (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) est une base de données bibliographiques regroupant la littérature relative aux sciences biologiques et médicales et couvrant les domaines suivants : biologie, biochimie, médecine clinique, santé publique, éthique, économie, pharmacologie, psychiatrie, toxicologie, odontologie, médecine vétérinaire. Elle est réalisée par la National Library of Medicine (NLM), du National Intitute of Health (NIH). La base de données Medline contient en 2011 plus de 21 millions de citations publiées depuis 1948 dans environ 5000 revues biomédicales. Elle contient des références et des résumés des auteurs, mais pas d’articles en texte intégral. Sa mise à jour est quotidienne. PubMed est une interface qui permet de consulter et d’interroger gratuitement Medline via internet, Cette interface de recherche est développée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM. Elle affiche notamment des liens vers les articles en texte intégral sur les sites des éditeurs participants. Vous pouvez vous connecter à l’adresse suivante : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez Entrez est le nom du logiciel de recherche utilisé par l’interface Pubmed. Il est également utilisé pour effectuer des recherches dans les autres bases de données réalisées par la NLM. Oldmedline contient les références de journaux biomédicaux parues entre 1947 et 1965. Ces références ne contiennent pas de résumés et sont en cours d’indexation avec les termes MeSH PubMedCentral (PMC) est la base de données des archives numériques d’articles de périodiques biomédicaux développée par la NLM. L’accès au texte intégral des articles est libre et gratuit, exception faite pour certains articles récents pour lesquels les éditeurs demandent un abonnement. La Documentation Centrale dans Pubmed La Documentation Centrale des Hospices Civils de Lyon a « programmé » Pubmed afin de pouvoir afficher, pour chaque référence bibliographique issue de revues auxquelles les Hospices Civils de Lyon sont abonnés, le lien vers l’article original pour le télécharger directement. La Documentation Centrale a également élaboré un filtre qui permet d’afficher uniquement les articles Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 5/103 des revues auxquels les Hospices Civils de Lyon sont abonnés. Ces services ne sont disponibles qu’à partir des postes informatiques des Hospices Civils de Lyon. Pour en profiter, connectez-vous à Pubmed à partir du lien suivant : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?myncbishare=HospicesCivilsLyon ou bien à partir du Portail Santé, voir ci-après. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 6/103 2. Effectuer une recherche simple avec Pubmed, étape par étape 2.1 Pubmed ne fonctionne pas comme Google Ce qu’il ne faut surtout pas faire : se connecter sur Pubmed et saisir le terme ou l’expression que vous recherchez dans la barre de recherche comme vous le feriez dans Google, même si l’interface propose des suggestions de recherche. C’est le meilleur moyen d’être noyé sous une masse de résultats dont beaucoup n’auront rien à voir avec ce que vous recherchez. Pubmed fonctionne avec un langage spécifique et les recherches s’effectuent en écrivant des équations de recherche dans ce langage. Bien formuler vos équations de recherche vous permettra de gagner un temps considérable dans vos recherches. 2.2 Pubmed Mobile information) et application iPhone (pour Ces outils peuvent être utiles pour vérifier rapidement une référence ou pour se faire une idée globale sur un sujet donné. Mais comme l’interface d’interrogation est réduite à sa plus simple expression, il n’est possible de faire qu’une interrogation « à la Google », ce qui comme il a été dit précédemment est fortement déconseillé. Il est donc recommandé d’utiliser ces outils qu’en « dépannage ». Cliquer sur Pubmed Mobile Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 7/103 Application iPhone http://itunes.apple.com/fr/app/pubmed-on-tap/id301316540?mt=8 2.3 Le MeSH 2.3.1 Présentation Les bibliothécaires de la NLM utilisent des mots-clés ou descripteurs pour indexer les articles dans Medline. Ces termes hiérarchisés constituent un vocabulaire contrôlé et sont regroupés dans un thésaurus nommé le MeSH (MEdical Subject Headings). Les bibliothécaires indexent les références choisissant les mots-clés du MeSH pour décrire le contenu des documents lus et analysés. L’utilisation de ces mots-clés permet notamment d’éviter les problèmes de synonymie lors de l’indexation des articles par les bibliothécaires et lors l’interrogation de la base de données par les utilisateurs. Grâce à ce travail, il est inutile de réaliser plusieurs interrogations successives en utilisant chaque synonyme d’un terme, les singuliers, les pluriels, les adjectifs… Par conséquent il est indispensable d’utiliser ces mots-clés (MeSH Terms) pour interroger Medline, afin d’obtenir les réponses les plus pertinentes. Exemple de recherche sur la trisomie 21 Une recherche en langage naturel ou sur une chaîne de caractères, comme vous pouvez la réaliser sur Google, nécessite pour être exhaustive de lancer plusieurs interrogations successives en utilisant notamment les termes suivants : - Trisomy 21 - Down syndrome - Mongolism Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 8/103 Vous allez alors rencontrer les problèmes suivants : redondance des résultats, oubli d’un synonyme, perte de temps, résultats relatifs à la Mongolie… Le terme MeSH utilisé pour décrire tous les documents relatifs à cette pathologie est « Down Syndrome » et son utilisation permettra de retrouver également les références traitant la trisomie 21 et le mongolisme. 2.3.2 Comment trouver les termes MeSH pour effectuer une recherche A partir du français Le module « Terminologie » du CISMef Le CISMef est le catalogue du CHU de Rouen qui répertorie les principaux sites médicaux francophones. Ce catalogue utilise la traduction française du MeSH (réalisée par l’INSERM). Le module terminologie permet de rechercher les termes MeSH en français et leur traduction en anglais. Il est intéressant de commencer l’étude du MesH par le module terminologie du CISMef car toutes les informations permettant de comprendre l’organisation du MeSH y sont disponibles en français. Pour cela, se connecter à l’adresse suivante : http://www.cismef.org/ Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 9/103 La page d’accueil du CISMef s’affiche. Cliquer sur « Portail Terminologique de Santé » pour trouver les termes MeSH Exemple de recherche sur la dialyse rénale. Saisir le mot « dialyse » dans la barre de recherche à gauche et cocher la rubrique « Mots clés Mesh ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 10/103 La page correspondant à ce terme s’affiche. Dans la colonne de gauche s’affichent toutes les expressions du MeSH français contenant ce mot. Cliquer sur « dialyse rénale ». La page concernant la dialyse rénale s’affiche. Nous pouvons voir que le terme MeSH équivalent en anglais est « renal dialysis ». L’onglet « Description » donne la définition du MeSH en anglais et ici la définition en français (ce n’est pas toujours le cas). Elle présente également les synonymes ou expressions dont le sens est proche français et anglais : lorsque l’on saisit l’un de ces termes, la recherche s’effectuera automatiquement sur le terme MeSH correspondant (ce qui évite donc d’avoir à lancer une recherche sur chaque synonyme). Ainsi si l’on saisit l’expression « dialyse extracorporelle », le moteur de recherche la remplacera automatiquement par le terme MeSH « dialyse rénale ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 11/103 L’onglet « Hiérarchies » montre la place du mot-clé dans l’arborescence MesH. En effet, le MeSH peut être comparé à un arbre contenant des termes classés du plus général au plus précis Chaque branche principale de cet arbre correspond à des notions générales qui englobent de nombreux concepts, comme « anatomie », « maladies »… « dialyse rénale » appartient à la branche « Techniques analytiques, diagnostiques, thérapeutiques et équipements ». Chaque branche principale se divise ensuite en branches de plus en plus fines, correspondant à des termes de plus en précis. « dialyse rénale » appartient au sous-ensemble «détoxication par sorption », qui lui-même appartient à l’ensemble « thérapeutique ». Un même mot clé peut être intégré à plusieurs « branches » de la hiérarchie car il peut être considéré sous plusieurs points de vue. Ainsi « dialyse rénale » appartient également au sous-ensemble « traitement substitutif de l’insuffisance rénale ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 12/103 L’onglet « Relations » présente les qualificatifs que l’on peut associer au mot-clé. Les qualificatifs permettent de préciser sur quel aspect du sujet porte la recherche et permet donc de l’affiner. Ainsi, nous pouvons sélectionner des documents sur les contre-indications à la dialyse rénale, les effets indésirables de la dialyse rénale etc.… A chaque terme MeSH est associée une liste de qualificatifs, qui varie d’un terme à l’autre. Par exemple à une pathologie seront associés les qualificatifs « diagnostic » ou « thérapie », et à un médicament le qualificatif « effets indésirables ». Les qualificatifs sont eux-mêmes organisés sous forme d’arborescence. La rubrique « Voir aussi » donne des termes pouvant compléter utilement la recherche, comme ici « rein artificiel ». Les « Métatermes » sont les spécialités médicales ou biologiques auxquelles appartient le terme recherché, la dialyse rénale faisant par exemple partie de la néphrologie. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 13/103 L’onglet « Accès aux ressources » permet de lancer la recherche dans la base de données du Cismef. Il reprend la liste des qualificatifs affiliables au mot-clé. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 14/103 Il est possible de les afficher sous la forme d’une liste alphabétique ou d’une liste hiérarchique. Il est possible de lancer directement la recherche sur Pubmed en cliquant sur le logo Pubmed en bas à droite, mais pour être plus précis il vaut mieux effectuer la recherche en recherchant les termes sur le MeSH anglais et en paramétrant soi-même Pubmed. Le MeSH bilingue de l’INSERM L'Inserm, suite à un accord scientifique avec la NLM participe à la production du MeSH par la traduction et la mise à jour du vocabulaire en français (avec l'aide de l’INIST depuis 2004) et est responsable de son exploitation en France. Le MeSH bilingue est accessible à l’adresse suivante : http://mesh.inserm.fr/mesh/ Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 15/103 Directement en anglais Se connecter à Pubmed à l’adresse suivante : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Si vous êtes sur un poste des Hospices Civils de Lyon, connectez vous avec le lien suivant, afin de profiter de Pubmed « personnalisé » par la Documentation Centrale. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?myncbishare=HospicesCivilsLyon Vous pouvez y accéder depuis l’Intranet des HCL en allant dans la rubrique « Accéder aux ressources documentaires du CHU » et en cliquant sur « Utiliser l’accès institutionnel à Pubmed » Enfin, vous pouvez aussi passer par le Portail Santé Des HCL et de l’Université Lyon 1 : Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 16/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 17/103 Cliquer sur « MeSH Database » et entrer l’expression recherchée dans la barre de recherche Reprenons l’exemple de la recherche sur la dialyse rénale Lorque nous entrons le mot « dialysis », Pubmed trouve les termes MeSH suivants : Dialysis ; Renal Dialysis ; Dialysis Solutions ; Peritoneal Dialysis, Continuous Ambulatory ; Peritoneal Dialysis, Hemodialysis Solutions ; Hemodialysis, Home ; Hemodialysis Units, Hospital ; Dialysis Solutions [Pharmacological Action]. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 18/103 Ne pas utiliser les mots suggérés par Pubmed au fur et à mesure que le mot est entré dans la barre de recherche, ce ne sont pas des termes MeSH. Nous recherchons des informations sur la dialyse rénale, donc nous cliquons sur le terme « Renal Dialysis ». Pubmed affiche une page contenant les différentes informations sur ce terme. Nous retrouvons les mêmes données que sur le CisMeF. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 19/103 - La définition. - Les « Subheadings » ou « qualificatifs » que nous avons déjà vus sur le Cismef qui qui servent à préciser sur quel aspect du sujet doit porter la recherche. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 20/103 - « Restrict Search to Major Topic headings only »: rechercher les articles dont « Renal dialysis » est le sujet principal. Si cette case n’est pas cochée, la recherche sera étendue à tous les articles indexés avec ce mot-clé. - « Do Not Explode this term »: nous avons vu que le MeSH étant un thésaurus, les différents termes sont classés par sujet et hiérarchisés, du plus général au plus précis. La place de « Renal Dialysis » dans l’arborescence MeSH est donnée ci-dessous : Par défaut, la recherche va « exploser » le terme, c'est-à-dire qu’elle va être étendue aux termes placés sous « Renal dialysis ». Ici elle va donc aussi se faire sur les termes : « Hemodiafiltration »; « Hemodialysis, Home »; « Peritoneal Dialysis »; « Peritoneal Dialysis, Continuous Ambulatory ». Cocher cette case permettra de limiter la recherche seulement à « Renal Dialysis ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 21/103 - Les « Entry terms » sont les synonymes ou les expressions qui renvoient automatiquement à ce terme MeSH lorsqu’on les entre dans la barre de recherche). - « Previous indexing »: mots-clés utilisés avant l’intégration de « Rénal Dialysis » dans le MeSH. - Les « See Also » (voir aussi), sont des suggestions d’autres termes MeSH pouvant compléter la recherche, ici « Kidney, Artificial ». - La place de ce terme dans l’arborescence MeSH (voir ci-dessus). Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 22/103 Lancer une recherche Cocher les options de recherche éventuellement désirées (qualificatifs, explosion…) puis cliquer sur « Add to search builder », ce qui va afficher dans le search builder (boite de dialogue) l’expression suivante : "Renal Dialysis"[MeSH], ce qui en langage Pubmed confirme que la recherche va s’effectuer sur le terme MeSH « Renal Dialysis ». Cliquer sur « Search Pubmed » pour lancer la recherche. Une autre méthode pour trouver des termes MeSH est de sélectionner les références les plus pertinentes et de les afficher au format « Citation » (voir le chapitre « Affichage des résultats » afin de voir la liste des termes MeSH avec lesquels elles ont été indexées. Il suffit ensuite de lancer de nouvelles requêtes avec les termes les plus intéressants. Pour trouver de nouvelles Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 23/103 idées de termes MeSH à utiliser, regarder aussi les notices des « Related articles ». Il est également possible d’aller directement chercher les termes sur le moteur de recherche interne du MeSH (MeSH Browser) à l’adresse suivante : http://www.nlm.nih.gov/mesh/ Lorsque les termes MeSH sont connus, vous pouvez lancer la requête directement à partir de la barre de recherche de la page d’accueil de Pubmed, en l’écrivant en langage Pubmed sous la forme : « terme [Mesh] », par exemple « Renal Dialysis [Mesh] ». Il n’est pas nécessaire de placer les termes MeSH entre guillemets, Pubmed les reconnaît automatiquement. D’autre part les termes et le mot “MeSH” peuvent être saisis indifféremment en majuscules ou en minuscules. En revanche il est indispensable d’écrire le mot-clé suivi de « [Mesh] » si l’on veut que la requête soit interprétée correctement par le moteur de recherche. Le terme Mesh associé à un qualificatif s’écrit de la manière suivante : « descripteur/qualificatif [Mesh] ». Par exemple : « "Parturition/prevention and control"[Mesh] ». Penser à regarder systématiquement les qualificatifs associés à un terme Mesh car leur utilisation permet de réduire le nombre de références non pertinentes trouvées et parfois d’éviter d’avoir à combiner ce terme avec d’autres descripteurs pour aboutir au même résultat. En résumé Pour lancer une recherche simple sur Pubmed : - rechercher les termes MeSH en français et leur traduction en anglais sur le CISMef - se connecter au Mesh database pour les retrouver sur Pubmed et lancer la recherche - utiliser les qualificatifs - une recherche simple sur un terme MeSH s’écrit directement de la manière suivante : « terme [MeSH » ou « terme/qualificatif [Mesh] » Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 24/103 2.4 Combiner les mots-clés et construire une équation de recherche 2.4.1 Les opérateurs booléens Les opérateurs booléens permettent de lier plusieurs termes à l’intérieur d’une requête et d’élaborer une équation de recherche. Ce sont les opérateurs logiques ET, OU, SAUF (AND, OR, NOT). Ils peuvent être sélectionnés en affichant la liste déroulante qui se trouve sous le « search builder ». L’opérateur AND (ET) A utiliser lorsque vous recherchez seulement les références contenant les deux termes de recherche. Exemple : recherche d’articles sur l’obésité et le diabète de type 2. Les termes MeSH associés sont les suivants : « Obesity » et « "Diabetes Mellitus, Type 2″ [Mesh]. Vous allez donc rechercher les références contenant à la fois le mot-clé « Obesity » ET le mot clé «"Diabetes Mellitus, Type 2"[Mesh] ». Diabetes Mellitus Obesity Obesity AND Diabetes Mellitus Cliquer sur « MeSH database » et afficher « Obesity ». Cliquer sur “add to search builder” qui va alors afficher « "Obesity"[Mesh] ». Au-dessus se trouve la barre de recherche du MeSH. Entrer le terme « diabetes 2 ». Les termes correspondants s’affichent, cliquer sur «"Diabetes Mellitus, Type 2"[Mesh]», afficher la page correspondante, et cliquer sur “add to search Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 25/103 builder”, et sélectionner «AND » dans la liste déroulante qui est à côté. Le search builder affiche alors l’équation de recherche suivante : "Obesity"[Mesh] AND "Diabetes Mellitus, Type 2"[Mesh] : Lancer la recherche en cliquant sur « Search PubMed ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 26/103 L’opérateur OR (OU) L’utilisation de cet opérateur permet de réunir deux ensembles de références qui contiennent chacune au moins un des termes de la recherche. Cet opérateur sert par exemple à rassembler des articles sur un thème commun en effectuant une seule requête. Exemple : recherche d’articles traitant de l’allergie aux noix ou de l’allergie à la cacahuète. Les termes MeSH associés sont les suivants : Nut Hypersensitivity et Peanut Hypersensitivity. Nut Hypersensitivity Peanut Hypersensitivity Nut Hypersensitivity OR Peanut Hypersensitivity. Reprendre les mêmes étapes que précédemment, en cliquant sur « add to search builder » et en sélectionnant « OR » dans la liste déroulante, de manière à afficher dans la Search Box l’équation de recherche suivante : "Nut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh]. L’utilisation de cet opérateur permet en une seule requête de ramener tous les articles traitant de l’allergie aux noix, tous les articles traitant de l’allergie à la cacahuète et tous les articles traitant à la fois de l’allergie aux noix et de l’allergie à la cacahuète. Cela permet aussi d’éliminer les doublons que l’on obtiendrait en lançant les deux requêtes séparément. L’opérateur NOT (SAUF) Utiliser cet opérateur pour exclure certains termes de la recherche. Exemple : recherche d’articles traitant des cirrhoses non alcooliques. Les termes MeSH associés sont les suivants : « Liver Cirrhosis » et « Liver Cirrhosis, Alcoholic ». Le but est donc d’exclure tous les articles traitant de la cirrhose alcoolique. Reprendre les mêmes étapes que précédemment, en cliquant sur « add to search builder » « Search Box with NOT », de manière à afficher dans la Search Box l’équation de recherche suivante : "Liver Cirrhosis"[Mesh] NOT "Liver Cirrhosis, Alcoholic"[Mesh]. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 27/103 Liver Cirrhosis Liver Cirrhosis, Alcoholic Liver Cirrhosis NOT Liver Cirrhosis, Alcoholic Utiliser cet opérateur avec précaution, de manière à ne pas exclure des références pertinentes du champ de recherche. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 28/103 2.5 Ecrire directement une équation de recherche Pour aller plus vite, lorsque les termes MeSH sont connus, vous pouvez écrire directement les équations dans la barre de recherche de la page d’accueil de Pubmed. Vous pouvez reprendre par exemple directement les équations précédentes : Obesity[Mesh] AND Diabetes Mellitus, Type 2 [Mesh] Nut Hypersensitivity[Mesh] OR Peanut Hypersensitivity[Mesh] Liver Cirrhosis[Mesh] NOT Liver Cirrhosis, Alcoholic[Mesh] Pour plus d’informations concernant l’écriture des équations de recherche, voir le module Expert. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 29/103 3. Affichage des résultats et accès aux articles en texte intégral 3.1 Le format « Summary » Une fois la recherche lancée, les résultats vont s’afficher par défaut sous cette forme : Ici, (voir cadre rouge) Pubmed a trouvé 7137 références affichées au format « Summary ». Il en affiche 20 par pages et elles sont classées par ordre d’entrée dans la base (la plus récente en premier). Ces références sont affichées au format « Summary » qui est le format d’affichage par défaut. Ce format comprend les champs suivants : - le titre de l’article - les noms des auteurs - le titre abrégé de la revue (pour afficher le titre complet, passer le curseur de la souris dessus) Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 30/103 - le PMID (PubMed Unique Identifier) de l’article : c’est le numéro unique qui est attribué à chaque référence enregistrée dans PubMed afin de permettre son identification. - Le niveau d’indexation des références : o Pubmed – indexed for Medline : le processus d’indexation par les bibliothécaires est terminé, la référence est complètement indexée. o Pubmed – in process : la référence est en cours de traitement et n’est pas encore indexée avec les termes MeSH o Pubmed – as supplied by publisher : la référence vient d’être envoyée par l’éditeur, elle contient seulement les informations fournies par ce dernier. Elle est donc incomplète et n’a pas encore été indexée. Le délai peut varier de quelques jours à plusieurs mois en fonction de la revue indexée. - les « Related articles » sont des articles ayant des mots-clés communs avec l’article sélectionné. Il est intéressant de les consulter car ils permettent d’approfondir la recherche et d’explorer de nouvelles pistes, notamment en regardant la liste des termes MeSH avec lesquels ils sont indexés. - vous pouvez sélectionner les articles qui vous intéressent pour une utilisation ultérieure en cochant la case à gauche. Nous verrons plus tard comment modifier leur format d’affichage et comment les importer ou les imprimer. Auteurs Titre Titre abrégé de la revue (The Biochemical Journal) Volume (425), numéro (1) de la revue et pagination de l’article ( de la page 71 à la page 83) Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 31/103 Ce format d’affichage est le plus restreint, il contient le minimum d’informations concernant une référence donnée. Il permet d’avoir une vision d’ensemble des réponses à une requête et de voir si les résultats obtenus correspondent à peu près à ce que l’on recherche. Pour avoir plus d’informations sur chaque référence et afficher plus de champs comme le résumé de l’article, il faut sélectionner d’autres formats d’affichage. 3.2 Modifier les paramètre d’affichage des références 3.2.1 Le menu « Display Settings » Cliquer sur le lien « Display Settings », au-dessus des références, afin d’afficher les différentes options. Format d’affichage de l’article Nombre d’articles affichés par page Mode de classement des articles Il suffit de cocher les cases correspondant à celles qui vous conviennent le mieux, puis de cliquer sur « Apply ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 32/103 3.2.2 Afficher le résumé, accéder à l’article original, et trouver les termes MeSH associés avec le format « Abstract » Pour afficher une référence au format « Abstract » : 1ère méthode : cliquer sur le titre de l’article qui vous intéresse 2ème méthode, cliquer sur le lien ‘Display Settings » et sélectionner « Abstract » pour afficher toutes les références dans ce format. Ce format permet en plus d’afficher les résumés et les liens vers le texte intégral de l’article s’il est disponible. Titre abrégé de la revue, le lien permet d’afficher des informations sur la revue Le lien sur le nom de l’auteur permet de lancer une recherche sur ce nom Résumé de l’article Lien vers l’article Menus déroulants, cliquer sur le + pour afficher les données Si vous vous connectez avec le Pubmed personnalisé Hospices Civils de Lyon, les liens vers l’article seront sous le résumé. Si vous cliquez sur le titre de la revue, vous avez la possibilité de lancer une recherche pour afficher tous les articles de cette revue, ou d’afficher les informations de la NLM concernant cette revue. De même, en cliquant sur le nom d’un des auteurs, vous avez la possibilité de relancer une recherche sur cet auteur Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 33/103 Vous pouvez afficher les termes MeSH avec lesquels l’article a été indexé en cliquant sur le menu déroulant correspondant présent sous le résumé. En effet, lorsque vous trouvez une référence qui correspond particulièrement bien à votre sujet de recherche, il est intéressant de regarder les mots-clés qui lui sont attribués afin de les utiliser pour lancer une nouvelle recherche pour retrouver des articles semblables. Certains termes Mesh sont suivis d’une astérisque : ce sont les termes Mesh majeurs de l’article, c'est-à-dire que ce sont les termes les plus importants pour l’indexation de l’article et qui correspondent au sujet principal de l’article. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 34/103 3.2.3 Accéder aux articles en texte intégral Afficher les références au format « Abstract » Lorsque le texte est disponible en ligne, le logo de l’éditeur s’affiche à droite de l’article avec souvent la mention « Full text at … ». Cliquer sur ce logo permet d’accéder au site de la revue dans laquelle a été publié l’article. Si vous vous êtes connecté via le Pubmed personnalisé par les Hospices Civils de Lyon, le logo suivant va s’afficher sous certains articles : Par exemple : Ce logo veut dire que Les Hospices Civils de Lyon sont abonnés via la Documentation Centrale à cette revue et que vous pouvez directement télécharger l’article original en cliquant dessus. Certaines revues (par exemple celles qui appartiennent à la base PubmedCentral) sont gratuites (le logo de l’éditeur portera alors la mention « Free full text … ») et dans ce cas l’article en texte intégral va s’afficher directement. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 35/103 Si vous ou votre institution êtes abonnés à la revue en question, vous pourrez accéder, soit directement, soit en entrant votre identifiant et votre mot de passe, à l’article en texte intégral. Si vous ne disposez pas d’abonnement à la revue, l’éditeur vous proposera d’acheter l’article. Si aucun logo n’apparaît, vérifiez quand même si votre institution est abonnée à cette revue. Si vous dépendez des Hospices Civils de Lyon, connectez-vous au Portail Santé pour afficher les listes des revues disponibles et les liens pour y accéder. 3.2.4 Le format « Medline » Le format « Medline » est utilisé pour télécharger les références dans un logiciel de gestion bibliographique comme Endnote ou Zotero. 3.2.5 Les formats « Abstract (text) » « Summary (text) » et Ces formats n’affichent que le texte, sans mise en forme. Vous pouvez les utiliser pour effectuer directement un copier-coller de la bibliographie dans un logiciel de traitement de texte comme Word ou lorsque vous voulez l’imprimer. 4. Trier les résultats avec les filtres. Le filtre Hospices Civils de Lyon Les filtres permettent sur une requête donnée de trier les articles selon un ou plusieurs critères comme le type d’article, la date ou la langue de publication, la possibilité d’accéder directement au texte intégral, etc… Les liens vers les filtres se trouvent à gauche et à droite de la liste des résultats de recherche. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 36/103 Filtres personnalisé s Filtres standards Les filtres de gauche sont des filtres standards, prédéfinis par Pubmed concernant notamment la date de publication, l’espèce étudiée, le type d’article, la langue de publication… D’autres options, dont la tranche d’âge de la population étudiée sont proposées en cliquant tout en bas sur « Show additional Filters » A droite sont les filtres personnalisés, institutionnels ou que l’on peut créer soi-même. Il existe deux filtres par défaut : les « Free full text articles » (articles en accès libre et gratuit) et les « Reviews ». Pour créer d’autres filtres, il faut posséder un compte « My NCBI », pour cela, se référer au chapitre correspondant. Ici, vous pouvez afficher au choix : - toutes (All) les références trouvées, c'est-à-dire 8083 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 37/103 - seulement les 1630 références « Free Full Text », c'est-à-dire les articles en accès libre et gratuit. seulement les 2033 « Reviews » Si vous profitez de Pubmed personnalisé Hospices Civils de Lyon, vous allez avoir les filtres suivants : La Documentation Centrale a créé un filtre spécifique permettant de trier les références d’articles provenant de revues auxquelles les Hospices Civils de Lyon sont abonnés. Cliquez sur le lien «Hospices Civils de Lyon » et la page de résultats n’affichera que les références d’articles directement téléchargeables depuis un poste des Hospices, qui sont ici au nombre de 3059. Ne pas oublier de supprimer ces limites si vous voulez effectuer de nouvelles recherches sans prendre en compte ces critères. 5. Sauvegarder et imprimer les résultats, les afficher sous la forme d’un flux RSS 5.1 Le menu « Send to » Le menu déroulant « Send to » permet de sauvegarder les résultats. Sélectionner les articles intéressants en cochant la case à gauche de l’article et choisir le format d’affichage à l’aide du menu déroulant « Send to ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 38/103 - « Clipboard » permet de placer les références sélectionnées dans un panier. Elles seront conservées pendant 8 heures. Pour les conserver indéfiniment, voir le paragraphe consacré à l’outil « My NCBI ». - « E-mail » permet d’envoyer les références par mail. - « File » permet de les importer dans un logiciel de gestion bibliographique de type Endnote ou Zotero (choisir alors le format d’affichage « Medline »). - « Collection » et « My bibliography » permet de les envoyer dans les bibliographies sauvegardées dans un compte « My NCBI » - « Order » permet de les commander à la NLM, cela ne nous concerne pas. NB : le menu « Save Search » permet également de sauvegarder les résultats, mais à condition d’avoir un compte « My NCBI ». Pour cela, se reporter au chapitre « Créer un compte « My NCBI » ». 5.2 Imprimer les résultats Afficher les références au format que vous préférez en utilisant le menu « Display Settings ». Si vous ne voulez pas de mise en forme, choisissez les formats « Abstract (text) » ou « Summary (text) ») et sélectionnez le nombre maximum d’items par page (de manière à, si cela est possible, à tout afficher sur une page pour n’avoir à lancer qu’une seule fois Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 39/103 l’impression). Cliquez dans la barre d’outils de votre navigateur Internet sur « Fichier », puis sur « Imprimer ». 5.3 Créer un flux RSS « RSS » permet de créer un flux RSS à partir de l’équation de recherche et de l’insérer dans un lecteur de flux RSS comme Netvibes ou Google Reader. Les nouvelles références entrées dans Medline et correspondant à cette équation de recherche sont ainsi affichées et mises à jour automatiquement. Cet outil permet de réaliser une veille sur un sujet donné. Cliquez sur « RSS » : Sélectionnez les nombre de références que vous souhaitez afficher, nommer le flux et cliquer sur « Create RSS » Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 40/103 Puis sur « XML ». et choisissez votre lecteur de flux habituel (Netvibes, Google Reader, Mon Yahoo etc…) pour vous abonner. Sur iGoogle, le flux s’affiche ainsi : A titre d’exemple, voici une partie de l’Univers Netvibes de la Documentation Centrale où sont regroupés les flux portant sur les articles écrits par des auteurs affiliés aux différents hôpitaux des HCL. Cette page, qui est Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 41/103 actualisée en permanence, permet d’être au courant des dernières publications des HCL. Cliquer sur un des titres d’article pour accéder à la référence complète sur Pubmed. Il est consultable à l’adresse suivante : http://www.netvibes.com/dochcl#Dernieres_publications_HCL Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 42/103 6. Combiner et affiner les recherches avec le menu « Advanced search » Cliquez sur le lien « Advanced search » pour afficher les différentes options de recherche Vous arrivez sur l’interface suivante : Le menu « Advanced Search » comprend deux modules : « Search Builder », « History». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 43/103 6.1 Construire une équation de recherche comprenant plusieurs critères avec le « Search Builder » Cet outil vous permet de construire pas à pas une équation de recherche, non seulement avec les termes MeSH, mais aussi avec d’autres critères tels que le nom de l’auteur ou de la revue, ou la date de publication. 6.1.1 Choisir un critère de recherche comme l’auteur Lorsque vous cliquez sur la liste déroulante à gauche, les critères suivants de recherche s’affichent : Vous pouvez ainsi sélectionner celui qui vous intéresse. Par exemple, vous voulez lancer une recherche sur un auteur donné. Cliquer sur « Author » afin de sélectionner ce champ. Lorsque vous voulez faire une recherche par auteur, saisissez-le de préférence sous la forme « Nom Initiale du prénom ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 44/103 Vous pouvez directement utiliser les suggestions de recherche, ou afficher la liste complète des auteurs référencés dans Pubmed en cliquant sur « Show index list ». Le chiffre indiqué après correspond au nombre de publications signées de cet auteur (314 pour L Montagnier). Sélectionner le bon auteur en cliquant dessus », de manière à le faire apparaître dans la barre de recherche au-dessus. Lancer alors la recherche en cliquant sur « Search ». Tout ce qui vient d’être dit est valable aussi pour les autres critères de recherches comme les revues. Vous pouvez également retrouver les termes MeSH de cette manière, ce qui évite de passer par le « MeSH Database ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 45/103 6.1.2 Combiner plusieurs critères de recherche : auteur, termes MeSH et date de publication Vous recherchez maintenant les publications de Luc Montagnier sur le VIH (HIV en anglais). A partir de l’écran de recherche précédent, sélectionner dans la liste déroulante de gauche du « Search Builder » « MeSH Terms ». Saisissez « hiv » (la casse n’est pas prise en compte » et cliquez sur « Show index », afin de vérifier que « hiv » est bien un terme MeSH ». Cliquez sur « hiv » pour le sélectionner, puis sur le « AND » de la liste déroulante, ce qui va ajouter ce critère de recherche dans la barre de recherche, combiné avec l’opérateur booléen « AND ». Vous obtenez donc l’équation de recherche « (Montagnier L[Author]) AND "hiv"[MeSH Terms] » : Pubmed va donc rechercher toutes les publications écrites par L. Montagnier ET indexées avec le terme MesH « HIV ». Si vous voulez seulement les articles publiés depuis 2005, sélectionnez « Publication Date » puis entrez « 2005 » et « present » et cliquez sur « AND » : Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 46/103 Pubmed va alors automatiquement afficher l’équation suivante dans la barre de recherche : ((Montagnier L[Author]) AND "hiv"[MeSH Terms]) AND "2005"[Publication Date] : "3000"[Publication Date] Ce qui signifie qu’il va rechercher les articles dont la date de publication est comprise entre l’année 2005 et l’année 3000, ce qui normalement devrait suffire à ramener tous les articles publiés depuis 2005. Vous pouvez combiner autant de critères et d’opérateurs que vous le souhaitez grâce à cet outil Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 47/103 6.2 Combiner plusieurs équations avec l’historique des recherches, « Search History » Dans cette rubrique sont affichées les dernières requêtes, numérotées de la plus ancienne à la plus récente, sous la forme #1 ; #2 ; #3 ; … Pour relancer une recherche donnée, clique sur « Add » pour l’intégrer dans le Builder. Il est possible de combiner plusieurs recherches avec les opérateurs booléens. Les requêtes ne sont conservées que pendant 8 heures. Pour les conserver indéfiniment voir le paragraphe consacré à l’outil « My NCBI ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 48/103 7. Visualiser l’équation « Search détails » de recherche avec l’encart Cet encart affiche le détail de la recherche en cours. Cliquez sur « See more » pour visualiser dans la fenêtre « Query translation » l’équation de recherche utilisée par Pubmed et notamment de voir quels sont les termes MeSH utilisés. Le champ « Translation « montre, mot par mot comment Pubmed a interprété la requête de l’utilisateur, notamment lorsque celui-ci n’a pas utilisé de termes MeSH. Le champ « User Query » affiche les messages d’erreur, et les éventuelles fautes dans la fenêtre (par exemple concernant les fautes de frappe qui seront affichées en rouge). Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 49/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 50/103 8. Rechercher une référence 8.1 Avec le PMID de l’article Le PMID est l’identifiant unique attribué à chaque référence entrée dans Pubmed. Il suffit de saisir ce numéro, sans aucune indication supplémentaire, dans la barre de recherche pour retrouver la référence correspondante. 8.2 Avec l’outil « Single Citation Matcher » Il permet de retrouver la référence complète d’un article lorsque par exemple vous ne connaissez que le titre de cet article. Dans la page d’accueil Pubmed, cliquez sur « Single Citation Matcher » et saisir les informations dont vous disposez. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 51/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 52/103 9. Rechercher une revue avec l’outil « Journals Database » Il permet par exemple de retrouver le titre complet d’une revue à partir du titre abrégé ou de l’ISSN (International Standard Serial Number, numéro international qui permet d'identifier de manière unique un journal ou une revue). Dans la page d’accueil de PubMed, cliquez sur « Journals Database » et saisissez les informations dont vous disposez. Par exemple, saisir « nejm » dans la barre de recherche permet de retrouver toutes les informations concernant le New England Journal of Medicine. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 53/103 10. Sauvegarder ses recherches et ses références et réaliser une veille en créant un compte « My NCBI » 10.1 Créer un compte « My NCBI » L’outil « My NCBI » permet de sauvegarder indéfiniment ses recherches, les références sélectionnées, d’enregistrer les préférences (notamment concernant les limites), d’être averti par mail lorsque de nouvelles références correspondant aux recherches enregistrées sont ajoutées dans Pubmed. Le compte est consultable depuis n’importe quel ordinateur. Pour cela, cliquer sur « My NCBI », en haut à droite de la page d’accueil. Entrer un nom et un mot de passe, et indiquer votre adresse e-mail. Cliquer sur « Register » pour créer le compte. Confirmer l’inscription en cliquant sur le lien reçu dans votre boite mail. Si vous possédez une adresse Gmail et/ou un compte iGoogle, vous avez la possibilité de vous connecter via Google, ce qui simplifie la procédure et vous permet d’utiliser le même identifiant et le même mot de passe. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 54/103 Ne pas utiliser d’adresse @chu-lyon.fr car les mails envoyés par la NLM sont identifiés comme étant des spams et effacés. Cliquer ici pour connecter via compte Google se un Cliquer ici pour créer un compte Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 55/103 Lors de la session suivante, s’identifier pour être reconnu par le système en cliquant sur « Sign in ». Votre identifiant d’affiche en haut à droite de l’écran pour vous indiquer que vous êtes connecté. La page d’accueil de votre compte se présente ainsi : Les différents éléments peuvent être déplacés, réduits ou supprimés. On retrouve la barre de recherche et l’historique. L’historique est toujours conservé. « My blibliography » permet de stocker et de retrouver les références collectées, « Collections » permet de gérer plusieurs collections de références, « Saved searches » contient les équations de recherches sauvegardées et « Filters » permet de conserver, de moduler les filtres et autres préférences de recherche. Vous pouver ajouter ou supprimer des éléments en allant sur la page « Customize this page » Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 56/103 10.2 Sauvegarder une recherche A partir de maintenant, vous pouvez sauvegarder vos recherches. Pour cela, cliquer à droite sur « Save Search ». Vous pouvez alors nommer la recherche et choisir la fréquence des mises à jour par mail. Identifiant de connexion Vous arrivez à l’écran suivant : Cliquez sur « Save » Pubmed vous propose de nommer votre recherche et de recevoir par mail les nouveaux articles correspondants à l’équation de recherche. Vous pouvez choisir la fréquence et le format des mises à jour. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 57/103 Cet outil permet de surveiller automatiquement les nouvelles parutions sur un sujet donné et ainsi de réaliser une veille sur ce sujet. Vous pouvez retrouver les données que vous avez sauvegardées depuis la page d’accueil de My NCBI, dans le module « Saved searches » 10.3 Sauvegarder des références, créer des collections et une bibliographie Vous pouvez également sauvegarder des références et créer avec des collections en cliquant dans la page de résultats sur « Send to » puis « Collection », ou « My Bibliography ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 58/103 Les collections sont utilisées pour regrouper plusieurs articles traitant de la même thématique. Elles peuvent être fusionnées Il est possible de rendre les collections publiques afin de les partager. Pour changer les paramètres des collections, cliquer sur « Manage collections ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 59/103 Le module « My blibliography » permet de centraliser toutes les références sélectionnées, de les exporter sous forme de fichier, de les suggérer à des amis… Il est possible d’y ajouter manuellement des références qui ne sont pas présentes dans Medline (par exemple des chapitres de livres, des documents personnels etc…). Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 60/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 61/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 62/103 10.4 Ajouter des filtres pour trier les articles Les filtres vont vous permettre de trier et de classer les résultats de recherche par catégories. Vous pouvez rechercher et créer des filtres avec « my NCBI ». Pour cela, dans le module « Filters », cliquez sur sur « Manage Filters ». La page suivante s’affiche : Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 63/103 Le tableau de gauche affiche la liste des filtres déjà installés (ici, ce sont ceux qui sont spécifiques à la Documentation Centrale). Les éléments de la colonne de droite vous permettent de chercher et de sélectionner les filtres. Sélectionner la catégorie « Properties » pour afficher les filtres relatifs aux type de publication, à la classe d’âgé étudiée, à la langue etc… L’image suivante montre comment sélectionner les filtres relatifs aux métaanalyses et aux revues de littérature. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 64/103 Vérifier que les nouveaux filtres sélectionnés s’affichent bien dans la « Filter List ». Pour ajouter le filtre « Documentation Centrale », il faut cocher la catégorie « LinkOut », développer la liste « Libraries » et cocher « Hospices Civils de Lyon -Documentation Centrale (Lyon, France) ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 65/103 Créer son propre filtre : ici, pour trier les articles publiés par des auteurs affiliés aux Hospices Civils de Lyon, identifiables avec l’équation de recherche suivante : Hospices Civils de Lyon[Affiliation]. Cliquer sur « Create custom filter » : De manière à afficher la fenêtre suivante : Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 66/103 Nommer le filtre. Entrer l’équation de recherche « Hospices Civils de Lyon[Affiliation] ». Cliquer sur « Run », de manière à afficher le nombre de résultats. Cliquer sur « Save Filter » pour enregistrer ce nouveau filtre. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 67/103 Vérifier que le nouveau filtre figure bien dans la filter list. Lancer une recherche. La recherche apporte 8085 références : - 3060 proviennent de revues auxquelles les HCL sont abonnés et sont accessibles en texte intégral depuis un poste des HCL - 196 sont en français - 33 méta-analyses - 2250 revues de littérature - 1 dont l’auteur est affilié aux HCL. Pour l’afficher, cliquer sur « Publication des HCL ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 68/103 10.5 Préférences La rubrique préférences vous permet de personnaliser Pubmed, notamment concernant l’affichage de la page de résultats. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 69/103 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 70/103 11. Rechercher sur Pubmed, mode expert 11.1 Ecrire une équation de recherche Nous avons vu lorsque nous avons réalisé une recherche en utilisant des termes MeSH qu’il était possible d’écrire directement l’équation de recherche dans la barre de recherche. En effet, lorsque nous saisissons l’équation « Renal dialysis [Mesh] », Pubmed recherche les références indexées avec ce terme. [Mesh] est le code de champ (ou Tag) qui précise le champ de recherche (Search Field), ici, les termes Mesh. Il existe des codes de champs pour tous les éléments d’une référence comme l’auteur, la date de publication, le type de publication, le titre…. Il est donc possible d’écrire une équation de recherche en combinant les différents champs et les opérateurs booléens. C’est ce que nous avons vu lorsque nous avons utilisé le module « Search Builder » Cette méthode permet d’élaborer des équations de recherche complexes permettant de vraiment cibler les recherches. Il peut exister plusieurs codes pour un même champ et la casse n’est pas prise en compte. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 71/103 Les principaux champs Affiliation [AD] adresse et appartenance de l’auteur qui assure la correspondance, origine des fonds de recherche All Fields [ALL] comprend tous les champs de Pubmed, permet de retrouver les références non indexés, utilisé automatiquement lorsque Pubmed ne trouve pas de correspondance entre les mots saisis dans la barre de recherche et les termes Mesh. Author [AU] nom de l’auteur et éventuellement initiales de ses prénoms (2 au maximum) EC/RN Number [RN] numéro de l’enzyme attribué par the Enzyme commission ou numéro d’une substance attribute par the Chemical Abstract Service Entrez Date [EDAT] date d’entrée de la référence dans Pubmed (écrite sous la forme AAAA/MM/JJ [DP], AA/MM[DP] ou AA[DP]) Filter [FILTER] filtre les notices bénéficiant d’un lien de type “Link Out”, par exemple ayant un lien vers le texte integral de l’article Full Author Name nom et prénoms complets de l’auteur. Les [FAU] noms sont entrés intégralement depuis 2002, donc utiliser ce champ pour des références postérieures. Issue [IP] numéro de la revue dans laquelle a été publié l’article Journal Title [TA] titre de la revue, entière ou forme abrégée ou ISSN. Language [LA] langue de parution de l’article. Mettre le mot en entier (French) ou les trois premières lettres (fre) (sauf pour le japonais : jpn) MeSH Date [MHDA] date d’indexation de l’article avec les termes Mesh . (écrite sous la forme AAAA/MM/JJ [DP], AA/MM[DP] ou AA[DP]) Tant que la référence n’est pas indexée, ce champ prend la valeur du champ Entrez Date. MeSH Major Topic descripteur majeur (suivi d’un astérisque dans [MAJR] la notice de l’article), correspondent au sujet principal de l’article. L’explosion se fait par Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 72/103 défaut, pour ne pas exploser écrire [MAJR: noexp] MeSH Subheadings qualificatif. Il est en règle générale accolé au [SH] descripteur (écrit alors sous la forme descripteur/qualificatif [Mesh]) mais il peut aussi être utilise seul. L’explosion se fait par défaut, pour ne pas exploser écrire [SH: noexp] MeSH Terms [MH] descripteur, terme appartenant au Mesh. L’explosion se fait par défaut, pour ne pas exploser écrire [MH: noexp] Pagination [PG] pagination de l’article Personal Name as nom d’une personne qui est le sujet de l’article Subject [PS] Publication Date [DP] date de publication (écrite sous la forme AAAA/MM/JJ [DP], AA/MM[DP] ou AA[DP]) Publication Type [PT] clinical trial, editorial, letter, analysis, practice guideline, … Secondary Source ID source secondaire [SI] Subset [SB] sous ensembles: AIDS, Bioethics, Complementary medicine, History of medicine Substance Name [NM] nom chimique d’une molécule par exemple "poly 1,4 butylene terephthalate"[Substance Name], est souvent aussi un terme MeSH. Il est conseillé d’utiliser l’onglet Preview/Index pour le saisir. Text Words [TW] inclut tous les mots (et chiffres) appartenant aux champs “Title/Abstract”, Mesh Terms”, “Mesh Subheadings”, “Substance Name”, “Secondary Source”, “Personnal Name as Subject” Title [TI] mots (et chiffres ) du titre Title/Abstract [TIAB] mots (et chiffres) du titre et du résumé de l’article PubMed Identifier [PMID]: identifiant unique de la notice dans Pubmed Volume [VI] volume de la revue dans laquelle a été publié l’article Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 73/103 Types de documents Addresses Bibliography Biography Case Report Classical Article Clinical Conference Clinical Trial [includes all types and phases of clinical trials] • Clinical Trial, Phase I • Clinical Trial, Phase II • Clinical Trial, Phase III • Clinical Trial, Phase IV • Controlled Clinical Trial • Multicenter Study • Randomized Controlled Trial Comment Congresses • Overall Corrected and Republished Article Consensus Development Conference Consensus Development Conference, NIH Dictionary Directory Duplicate Publication Editorial Evaluation Studies Festschrift Government Publications Guideline • Practice Guideline Historical Article • Biography - Interview • Classical Article • Festschrift Interactive Tutorial Interview Introductory Journal Article Journal Article Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 74/103 Introductory Journal Article • Review - Interactive Tutorial Lectures Legal Cases Legislation Letter Meta-Analysis Multicenter Study News Newspaper Article Overall Patient Education Handout Periodical Index Portraits Practice Guideline Published Erratum Retraction of Publication Retracted Publication Review • Consensus Development Conference - Consensus Development Conference, NIH Randomized Controlled Trial Scientific Integrity Review Technical Report Twin Study Validation Studies • Voir aussi à l’adresse suivante, dans l’aide en ligne (« Help ») de PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Search_Field_D escrip NB : pour plus d’information concernant les types de documents, leur lecture critique et leur niveau de preuve pour la pratique de l’evidence-based medicine, veuillez consulter la bibliographie à la fin de ce manuel. La syntaxe est de type : « terme [champ] ». Les abréviations des champs peuvent être saisies indifféremment en majuscules ou en minuscules. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 75/103 Exemple : recherche de références sur la dialyse rénale dont l’auteur est A. Smith. Nous avons vu que comme « renal dialysis » est un terme MeSH, il est possible de lancer la recherche en saisissant : renal dialysis [Mesh] (ou d’après le tableau ci-dessus renal dialysis [MH], car il existe plusieurs codes pour le même champ). Nous voyons sur la liste des codes des champs donnée ci-dessus que le champ auteur est « [AU] ». Le nom de l’auteur doit être écrit sous la forme « nom » (dans ce cas, la recherche sera automatiquement lancée sur tous les auteurs ayant ce nom de famille) ou « nom initiale du prénom », ce qui avec notre exemple va donner : « Smith A [AU] ». La recherche porte sur les références portant sur la dialyse rénale ET dont l’auteur est A. Smith : il nous faut donc combiner les deux champs de recherche avec l’opérateur booléen AND. L’équation que vous allez saisir dans la barre de recherche sera donc : « renal dialysis [mesh] AND Smith A [AU] ». Après l’affichage des résultats, vous pouvez la retrouver en cliquant dans l’encart « Détails ». Cet encart permet également de modifier l’équation de recherche pour lancer une nouvelle requête et de visualiser les erreurs. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 76/103 Si vous recherchez des publications parues au cours d’un intervalle de temps donné, par exemple entre 2000 et 2008, utilisez le champ « Publication Date » codé « [DP] ». Les dates sont entrées sous la forme : « AAAA/MM/JJ [DP] », avec « : » pour marquer l’intervalle. Les articles parus entre 2000 et 2008 se codent ainsi: 2000[PDAT]: 2008[PDAT]. En reprenant l’exemple précédent, pour rechercher les références sur la dialyse rénale écrites par A. Smith entre 2000 et 2008, il faut saisir l’équation suivante : “renal dialysis[MeSH Terms] AND smith a[Author] AND 2000[PDAT] : 2008[PDAT]” Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 77/103 11.2 Rechercher sans utiliser des termes du MeSH 11.2.1 Recherche sur les mots du titre et du résumé Si vous ne trouvez pas de terme MeSH approprié à votre recherche, il est possible de lancer une recherche sur les mots du titre et/ou du résumé des notices. Vous pouvez effectuer ce type d’interrogation lorsque par exemple vous recherchez des résultats concernant un produit ayant un nom de marque déposé. Cela s’avère également nécessaire pour les recherches portant sur des technologies ou des découvertes récentes et pour lesquelles il n’existe encore pas de terme Mesh approprié. Pour cela vous pouvez utiliser les champs de recherche suivants: Titre [TI] : la recherche s’effectuera sur les mots du titre (title) des références Exemple : recherche d’articles dont le titre mentionne la brebis clonée Dolly : « dolly [TI] » Titre/Résumé [TIAB] : la recherche s’effectuera sur les mots du titre (title) et du résumé (abstract) Exemple : recherche d’articles sur la spécialité Maalox: Maalox [TIAB] 11.2.2 Recherche d’articles très récents encore non indexés avec les termes MeSH Ce type de recherche concerne les références portant la mention « in process » et « as supplied by publisher » en attente d’indexation. Il est nécessaire de procéder de cette manière si vous souhaitez obtenir des références très récentes. Cette méthode permet également de retrouver les documents très courts qui ne sont pas indexés du tout, du type « letters to the editors ». Il faut procéder de la même manière en utilisant les champs [TI] ou [TIAB] et les combiner avec l’expression « NOT MEDLINE[SB] ». Dans ce cas là, il faut également utiliser les synonymes (voir les « entry terms » d’un terme MeSH donné, sans utiliser les expressions comprenant une virgule) Ce qui donne ce type d’interrogation : « ("Renal Dialysis″ [TIAB] OR Hemodialysis [TIAB] OR "Extracorporeal Dialysis″ [TIAB]) NOT MEDLINE[SB] ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 78/103 L’inconvénient de ce type de requête est qu’elle peut rapporter beaucoup de références non pertinentes. Il est cependant nécessaire de procéder ainsi dans le cadre de la mise en place d’une veille. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 79/103 11.2.3 Recherche en utilisant le « mapping » Lorsque vous saisissez un mot ou une expression dans la barre de recherche Pubmed sans spécifier de champ, comme vous le feriez par exemple en interrogeant Google, Pubmed utilise la procédure de correspondance automatique des termes ("Automatic term mapping"). Cela signifie que Pubmed va commencer par rechercher une correspondance dans le MeSH. S'il retrouve les termes de la requête dans le MeSH (termes exacts ou synonymes), PubMed les utilise et affiche les articles indexés avec ces termes ou bien les contenant dans un champ quelconque de leur notice. En règle générale, PubMed complète les résultats en effectuant aussi une recherche dans les mots du titre et du résumé ([TIAB]) des articles non indexés dans Medline (NOT Medline[SB]). Si aucune correspondance n'est trouvée, PubMed cherchera alors les termes séparément dans tous les champs ([All Fields]). Les différents termes seront combinés par les opérateurs booléens. Vous pouvez voir l’équation de recherche ainsi générée en affichant l’onglet « Details ». Par exemple si vous saisissez « kidney allograft » dans la barre de recherche, Pubmed transformera la requête en l’équation suivante : ("kidney"[MeSH Terms] OR "kidney"[All Fields]) AND ("transplantation, homologous"[MeSH Terms] OR ("transplantation"[All Fields] AND "homologous"[All Fields]) OR "homologous transplantation"[All Fields] OR "allograft"[All Fields]). Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 80/103 Vous pouvez voir comment Pubmed a interprété les termes saisis et quelle requête il a lancé en cliquant sur l’onglet “Détails” : “Query Translation” montre l’équation de recherche lancée par Pubmed. “Translations” explique comment Pubmed a interprété chaque terme saisi. « User Query » affiche les termes saisis initialement dans la barre de recherche. Il est possible de modifier l’équation et de relancer la recherche en cliquent sur « Search » Cliquer sur « URL » permet de sauvegarder la recherche sur le navigateur. 11.2.4 Recherche d’une expression Pour effectuer une recherche sur une expression, il faut la saisir entre guillemets. Dans ce cas, Pubmed ne va pas rechercher de correspondance avec les termes MeSH. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 81/103 Poursuivons la recherche « kidney allograft ». Si l’on saisit « “kidney allograft” » entre guillemets dans la barre de recherche, Pubmed l’interprétera en lançant l’équation de recherche suivante : « "kidney allograft"[All Fields] ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 82/103 11.2.5 Recherche en utilisant la troncature La troncature, symbolisée par un astérisque, et placée à la fin d'une chaîne de caractères, permet de rechercher les mots commençant par cette chaîne de caractères. En d’autres termes la troncature permet de rechercher tous les mots « qui commencent par… » Par exemple saisir « implant* » dans la barre de recherche permet de lancer la recherche sur « implant », « implants », « implantation » etc… Pubmed ne recherche que les 600 premières variations d’un terme tronqué. S’il existe plus de 600 variations, Pubmed affichera un message avertissement. Par exemple, pour cell* : L’utilisation de la troncature annule le mapping ainsi que l’explosion automatique des termes Mesh. 11.2.6 Les Stopwords Certains mots sont automatiquement exclus de la recherche, ce sont les « Stopwords » ou mots vides de sens comme the, also, very… 11.3 Autres types de recherches 11.3.1 Pondération Lorsque qu’une notice est affichée dans un format qui comprend les termes MeSH associés (par exemple le format « Citation », vous pouvez remarquer que certains termes sont suivis d’un astérisque. Ce sont les descripteurs MeSH majeurs. Ces quelques descripteurs désignent le sujet principal de l’article. Vous pouvez lancer une recherche seulement sur les termes MeSH majeurs en saisissant le terme MeSH suivi du champ [MAJR]. Limiter la recherche aux références où le terme recherché est un terme majeur réduit considérablement le nombre de références retrouvées. L’explosion se fait par défaut. Pour ne pas exploser saisir le champ suivant : [MAJR :noexp] Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 83/103 11.3.2 Recherche d’informations sur les essais cliniques et la médecine fondée sur preuve L’onglet « Limits », la fenêtre déroulante « Type of article » permet de lancer une recherche sur les essais cliniques, de les trier par type d’essai ainsi que de sélectionner des documents comme les conférences de consensus. Pour approfondir ce type de recherche, vous pouvez utiliser l’outil Clinical Queries dans le menu de gauche de la page d’accueil. Cet outil contient des filtres de recherche prédéfinis par RB Haynes et ses collaborateurs pour limiter les résultats à des publications d’études menées avec des méthodologies spécifiques. Les Clinical Queries (questions cliniques) proposent différentes catégories (« Categories « ) d’études : therapy, diagnosis, etiology, prognosis et de filtrer plus ou moins précisément les résultats (« Scope »). Le filtre Narrow est plus précis mais apportera moins de références, tandis que « Broad » laisse passer plus de résultats, mais moins pertinents. Les Systematic Reviews (revues systématiques) permettent de trouver des revues systématiques, des méta-analyses, des synthèses, des guides de pratique clinique, des essais cliniques des études de médecine fondée sur les preuves (evidence-based medicine)… NB : Si vous souhaitez plus d’informations concernant les questions cliniques, les types d’études, les niveaux de preuve, l’analyse de la littérature, la lecture critique et l’evidence-based medicine, une sélection de documents et de sites Internet est proposée à la fin de ce manuel. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 84/103 Les Medicals Genetics Searches filtrent les études en génétique médicale. Pour avoir plus d’informations sur la manière dont ces filtres ont été conçus, cliquer sur les notes d’information en bas de page. Exemple de recherche sur l’obésité et le diabète de type 2 : Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 85/103 11.3.3 Equations combinant plusieurs opérateurs booléens Une équation de recherche peut utiliser plusieurs fois le même opérateur booléen, les termes peuvent être placés dans n’importe quel ordre et il n’est pas nécessaire de mettre de parenthèses. Par exemple : "Breast Implants"[Mesh] AND "Silicone Gels"[Mesh] AND "Neoplasms"[Mesh] AND "Review "[Publication Type] AND "2006"[PDAT] : "2008"[PDAT] Ou "Cereals"[Mesh] OR "Eggs"[Mesh] OR "Fruit"[Mesh] OR "Vegetables"[Mesh] OR "Milk"[Mesh] Il est également possible de combiner les opérateurs AND et NOT dans la même équation, dans n’importe quel ordre et sans parenthèses : "mountaineering"[MeSH Terms] AND "wounds and injuries"[MeSH Terms] NOT "altitude sickness"[MeSH Terms] AND "Review "[Publication Type] AND "2006"[PDAT] : "2008"[PDAT] NOT Dutch[lang] Pumed traite les opérateurs booléens de gauche à droite. L’ordre dans lequel Pubmed traite les différents éléments de la recherche peut être modifié en mettant certains d’entre eux entre parenthèses. Les termes entre parenthèses seront traités en tant qu’unités et seront ensuite inclus dans l’ensemble de la stratégie. Il est nécessaire de mettre les mots clés reliés par OR entre parenthèses lorsqu’ils sont combinés à l’opérateur AND Exemple : pour combiner les deux recherches suivantes : "Weight Loss"[Mesh] AND "Tea"[Mesh] et "Weight Loss"[Mesh] AND “Coffee"[Mesh] Pour que «Weight Loss » soit à la fois associé à « Tea » et à « Coffee » faut mettre ces derniers entre parenthèses avec l’opérateur OR, ce qui donne : "Weight Loss"[Mesh] AND ("Tea"[Mesh] OR "Coffee"[Mesh]) En effet, sans les parenthèses, Pubmed va lancer la requête en la lisant de gauche à droite et ramener des articles traitant de perte de poids et du thé ("Weight Loss"[Mesh] AND "Tea"[Mesh]) et tous les articles parlant du café (“Coffee"[Mesh]). Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 86/103 NB : comme les équations sont lues de gauche à droite, il n’est pas nécessaire de metre les parenthèses si l’on place les termes reliés par OR en premier. De ce fait, "Weight Loss"[Mesh] AND ("Tea"[Mesh] OR "Coffee"[Mesh]) est équivalent à : "Tea"[Mesh] OR "Coffee"[Mesh] AND "Weight Loss"[Mesh] Mais en pratique, il est vivement conseillé de mettre systématiquement les parenthèses pour éviter les erreurs. De même, il est nécessaire de mettre les mots-clés reliés par OR entre parenthèses lorsqu’ils sont combinés à l’opérateur NOT "Weight Loss"[Mesh] NOT ("Diet"[Mesh] OR "Sports"[Mesh]) En résumé Les éléments reliés par AND et NOT peuvent être placés sans parenthèses et dans n’importe quel ordre. Les éléments reliés par OR doivent être placés entre parenthèses quand ils doivent être associés ensemble à d’autres opérateurs. Les équations sont lues de gauche à droite dans Pubmed. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 87/103 12. Exercices 12.1 Questions 12.1.1 Trouver les termes MeSH correspondants 1 Vaccin contre la rougeole 2 Lait maternisé 3 Infection à légionelles 4 Bouton de fièvre 5 Maladie de la vache folle 6 Pneumonie atypique 7 Téflon 8 Epidémiologie de la grippe aviaire 9 Problèmes de cicatrisation 10 Chirurgie des blessures par balles 11 Législation concernant les mesures de contention 12 Soins des escarres 12.1.2 Ecrire les correspondantes I équations de recherche 13 Zona et paralysie faciale 14 Saignements de nez et hypertension 15 Données statistiques sur la grippe humaine en France. 16 Comment différencier un enfant maltraité d’un enfant atteint de la maladie des os de verre? 17 Soigner le rhume par les médecines alternatives sauf l’homéopathie 18 Traitement des brûlures faciales et cervicales 19 Nausées pendant la grossesse 20 Quels sont les facteurs qui peuvent provoquer un cancer du poumon à part le tabagisme (actif et passif) ? 21 Les troubles de la déglutition chez les personnes âgées 22 Les troubles des comportements alimentaires (anorexie, boulimie…) chez les adolescentes 23 Le toucher dans la relation soignant-soigné, articles en français, parus entre 1999 et 2009 24 Prise en charge infirmière de la transplantation cardiaque chez l’adulte agé de 19 à 65 ans, articles en français et en anglais Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 88/103 25 Les traitements du syndrome coronarien aigu 12.1.3 Modifier le format d’affichage, télécharger un article, imprimer une référence, réaliser une veille 27 Rechercher les données statistiques sur la grippe humaine en France. Afficher le résumé de l’article “Study of influenza C virus infection in France.” de S Gouarin. Télécharger l’article complet en PDF depuis le site de l’éditeur (seulement sur un poste des HCL). 28 Comment différencier une enfant maltraité d’un enfant atteint de la maladie des os de verre? Sélectionner l’article de Clavert JM, “Osteogenesis imperfecta or child abuse”, l’afficher au format “Citation” et imprimer la référence. 29 Réaliser une veille hebdomadaire sur les traitements du syndrome coronarien aigu. 12.1.4 Retrouver les notices des articles suivants 30 Découverte de la structure de l’ADN par Crick et Watson en 1953, présentée dans la revue Nature 31 Première transplantation cardiaque, réalisée par CN Barnard en décembre 1967 32 Naissance du premier bébé-éprouvette en 1978, technique développée par PC Steptoe et RG Edwards 33 Première description du virus responsable du SIDA en mai 1983 dans la revue Science avec en premier auteur Françoise Barré-Sinoussi 34 Dolly, le premier mammifère cloné, technique décrite en février 1997 dans la revue Nature, et dont le premier auteur est Ian Wilmut du Roslin Institute 35 Rechercher tous les articles auxquels a contribué le généticien Jean Weissenbach 36 Rechercher les références de l’article dont le PMID est : 18689120 Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 89/103 12.1.5 Revues 37 Qu’est ce que “PNAS”? 38 Quels sont ses autres titres abrégés? 39 Quel est le nom abrégé de la revue éditée par la American Medical Association? 40 Sous quelles formes cette revue est publiée? 41 Les revues « La Revue de l’infirmière »,« Recherche en soins infirmiers » et «Concours médical », sont-elles indexées dans Medline ? 12.1.6 Ecrire les correspondantes II équations de recherche 42 Articles sur la présence de PCB dans le Rhône 43 Publications sur les douleurs chroniques 44 Publications concernant le beaufort (seulement le fromage) 45 Publications en français concernant les centres d’information et de documentation et les bibliothèques (toutes categories confondues) 46 Publications en français sur la recherche d’informations sur Pubmed et le MesH 47 Relations entre rythme circadien et cortisol ou mélatonine chez l’humain 48 Méta-analyses sur le traitement des troubles de l’érection par le Viagra (seulement cette marque et pas les autres médicaments contenant la même substance active) 49 Revues systématiques de la littérature sur le traitement de la dépression avec le Prozac (seulement cette marque) 50 Articles sur les infections nosocomiales écrits par des auteurs travaillant à l’Hôpital Edouard Herriot 51 Consommation d’alcool et binge drinking chez les adolescents en France 52 L’alcool au volant chez les jeunes, articles en français 53 Essais randomisés et contrôlés réalisés sur l’utilisation d’implants vasculaires (sauf les stents) dans le cadre d’un anévrisme de l’aorte, parus depuis 1985. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 90/103 12.2 Réponses 12.2.1 Termes Mesh 1 Vaccin contre la rougeole Measles Vaccine 2 Lait maternisé Infant formula 3 Infection à légionelles Legionellosis 4 Bouton de fièvre Herpes labialis 5 Maladie de la vache folle Encephalopathy, Bovine Spongiform 6 Pneumonie atypique Severe Acute Respiratory Syndrome 7 Téflon Polytetrafluoroethylene 8 Epidémiologie de la grippe aviaire Influenza in Birds/epidemiology 9 Problèmes de cicatrisation Wound Healing/complications 10 Chirurgie des blessures par balles Wounds, Gunshot/surgery 11 Législation concernant les mesures de contention Restraint, Physical/legislation and jurisprudence 12 Soins des escarres Pressure Ulcer/nursing Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 91/103 12.2.2 Equations de recherche I 13 Zona et paralysie faciale "Herpes Zoster"[Mesh] AND "Facial Paralysis"[Mesh] 14 Saignements de nez et hypertension "Epistaxis"[Mesh] AND "Hypertension"[Mesh] 15 Données statistiques sur la grippe humaine en France "Influenza, Human/statistics and numerical data"[Mesh] AND "France"[Mesh] 16 Comment différencier un enfant maltraité d’un enfant atteint de la maladie des os de verre? "Osteogenesis Imperfecta"[Mesh] AND "Child Abuse"[Mesh]. 17 Soigner le rhume par les médecines alternatives sauf l’homéopathie ("Common Cold/therapy"[Mesh] AND "Complementary Therapies"[Mesh]) NOT "Homeopathy"[Mesh] 18 Traitement des brûlures faciales et cervicales "Burns/therapy"[Mesh] AND ("Face"[Mesh] OR "Neck"[Mesh]) 19 Nausées matinales durant la grossesse ("Nausea"[Mesh:noexp] AND "Pregnancy"[Mesh]) OR “Morning sickness” [Mesh]. Ne pas exploser le terme Nausea pour ne pas prendre en compte les nauseas pos-opératoires. 20 Quels sont les facteurs pouvant provoquer un cancer du poumon à part le tabagisme (actif et passif) "Lung Neoplasms/etiology"[Majr:NoExp] NOT "Smoking"[Mesh] NOT "Tobacco Smoke Pollution"[Mesh] ou "Lung Neoplasms/etiology"[Majr:noexp] NOT ("Smoking"[Mesh] OR "Tobacco Smoke Pollution"[Mesh]) 21 Les troubles de la deglutition chez les personnes âgées "Deglutition Disorders"[Mesh] AND "aged"[MeSH Terms] ou “Deglutition Disorders"[Mesh] et cocher dans l’onglet “Limits”, rubrique “Ages, “Aged: 65+ years” Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 92/103 22 Les troubles des comportements alimentaires (anorexie, boulimie…) chez les adolescentes "Eating Disorders"[Mesh] AND "female"[MeSH Terms] AND "adolescent"[MeSH Terms] ou "Eating Disorders"[Mesh] et cocher dans l’onglet Limits “Female” et “Adolescent: 13-18 years Le terme “Feeding and Eating Disorders of Childhood” ne concerne que les enfants. 24 Le toucher dans la relation soignant-soigné, articles en français, parus entre 1999 et 2009 "Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient Relations"[Mesh] AND ("1999"[PDAT] : "2009"[PDAT] AND French[lang]) ou "Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient Relations"[Mesh], cocher dans l’onglet “Limits” “Published in the Last”, remplir les cases “specify date range” : “1999” to “2009” et cocher “French” dans la rubrique “Languages” 25 Prise en charge infirmière de la transplantation cardiaque chez l’adulte agé 19 à 65 ans, articles en français et en anglais "Heart Transplantation/nursing"[Mesh], cocher dans l’onglet Limits : Humans, English, French, Nursing Journals, Adult, et Middle-Aged 26 Les traitements du syndrome coronarien aigu "Acute Coronary Syndrome/therapy"[Mesh]. 12.2.3 Modifier le format d’affichage, télécharger un article, imprimer une référence, réaliser une veille 27 Rechercher les données statistiques sur la grippe humaine en France « Influenza, Human/statistics and numerical data”[Mesh] AND “France”[Mesh] Afficher le résumé de l’article « Study of influenza C virus infection in France. » de S Gouarin paru en 2008: cocher la référence, aller dans le menu déroulant « Display Settings » et cliquer sur « Abstract » (ou cliquer directement sur le titre de l’article). Télécharger l’article complet en PDF depuis le site de l’éditeur (seulement sur un poste des HCL) : cliquer sur le logo « Texte intégral » et sur le site de l’éditeur, sur « Full text : PDF ». Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 93/103 28 Comment différencier une enfant maltraité d’un enfant atteint de la maladie des os de verre? "Osteogenesis Imperfecta"[Mesh] AND "Child Abuse"[Mesh]. Sélectionner l’article de Clavert JM, “Osteogenesis imperfecta or child abuse”, l’afficher au format “Citation” et imprimer la référence. Cocher l’article,” et sélectionner “Citation” dans le menu déroulant “Display”. Une fois que l’article est affiché dans ce format, sélectionner “Printer” dans le menu déroulant “Send to”. 29 Réaliser une veille hebdomadaire sur les traitements du syndrome coronarien aigu Saisir l’équation de recherche suivante : "Acute Coronary Syndrome/therapy"[Mesh]. En créant un flux RSS. Nécessite d’avoir un lecteur de flux RSS. Cliquer sur lle logo « RSS »”. Sélectionner le nombre d’articles à afficher, nommer la recherche, et cliquer sur “Create RSS”, puis sur le logo XML et sélectionner le lecteur de flux dans lequel vous voulez l’intégrer. En se faisant envoyer chaque semaine les nouvelles parutions par mail. Nécessite d’avoir un compte “My NCBI”. Cliquer sur “Save search”, nommer la recherche, et répondre “Yes, once a week” à la question “Would you like e-mail updates of new search results 12.2.4 Notices des articles Utiliser les outils “Single Citation Matcher” ou “Advanced Search” 30 Découverte de la structure de l’ADN par Crick et Watson en 1953, présentée dans la revue Nature WATSON JD, CRICK FH. Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature. 1953 Apr 25;171(4356):737-8. No abstract available. PMID: 13054692 [PubMed - indexed for MEDLINE] 31 Première transplantation cardiaque, réalisée par CN Barnard en décembre1967 Barnard CN. The operation. A human cardiac transplant: an interim report of a successful operation performed at Groote Schuur Hospital, Cape Town. S Afr Med J. 1967 Dec 30;41(48):1271-4. No abstract available. PMID: 4170370 [PubMed - indexed for MEDLINE] Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 94/103 32 Naissance du premier bébé-éprouvette en 1978, technique développée par PC Steptoe et RG Edwards Steptoe PC, Edwards RG. Birth after the reimplantation of a human embryo. Lancet. 1978 Aug 12;2(8085):366. No abstract available. PMID: 79723 [PubMed - indexed for MEDLINE] 33 Première description du virus responsable du SIDA en mai 1983 dans la revue Science avec en premier auteur Françoise Barré-Sinoussi Barré-Sinoussi F, Chermann JC, Rey F, Nugeyre MT, Chamaret S, Gruest J, Dauguet C, Axler-Blin C, Vézinet-Brun F, Rouzioux C, Rozenbaum W, Montagnier L. Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS). Science. 1983 May 20;220(4599):868-71. PMID: 6189183 [PubMed - indexed for MEDLINE] 34 Dolly, le premier mammifère cloné, technique décrite en février 1997 dans la revue Nature, et dont le premier auteur est Ian Wilmut du Roslin Institute à Edimbourg Wilmut I, Schnieke AE, McWhir J, Kind AJ, Campbell KH. Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells. Nature. 1997 Feb 27;385(6619):810-3. Erratum in: Nature 1997 Mar 13;386(6621):200. PMID: 9039911 [PubMed - indexed for MEDLINE] 35 Utiliser l’onglet “Preview/Index”, en sélectionnant “Author “ dans la liste déroulante et en saisissant “Weissenbach J” Utiliser l’outil ‘Single Citation Matcher” et en saisissant “Weissenbach J” dans la rubrique “Author” Saisir l’équation de recherche : weissenbach j[Author] dans la barre de recherche Ne pas saisir « Weissenbach, Jean car les documents ne sont indexés dans Medline avec le prénom complet de l’auteur que depuis 2002, les références antérieures seraient ainsi exclues. 36 Rechercher les références de l’article dont le PMID est : 18689120 : Entrer le numéro dans la barre de recherche Pubmed Eveillard P. [Finding citations about diarrhea in MEDLINE] Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 95/103 Rev Prat. 2008 Jun 15;58(11):1223. French. No abstract available. PMID: 18689120 [PubMed - indexed for MEDLINE 12.2.5 Revues Utiliser l’outil “Journals Database” 37 Qu’est ce que “PNAS”? « Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America » 38 Quels sont ses autres titres abrégés? « Proc Natl Acad Sci U S A » et « Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. » 39 Quel est le nom abrégé de la revue éditée par la American Medical Association? JAMA 40 Sous quelles formes cette revue est publiée? Papier et électronique (voir ISSN) 41 Les revues « La Revue de l’infirmière » et « Recherche en soins infirmiers » et «Concours médical », sont-elles indexées dans Medline ? « La Revue de l’Infirmière » est indexée, mais les résumés des articles ne sont pas disponibles, « Recherche en Soins Infirmiers » est indexée et les résumés des articles sont consultables en anglais et le « Concours Médical n’est pas indexé, bien que le titre figure dans la base de données. Oui, mais les titres des articles sont traduits en anglais et les résumés ne sont pas disponibles. 12.2.6 Equations de recherche II 42 Articles sur la présence de PCB dans le Rhône "Polychlorinated Biphenyls"[Mesh] AND Rhône[TIAB]. Possibilité de saisir “Rhône” avec ou sans accent. Ne pas mettre Rhone [All fields] car on retrouve alors une publication don’t un auteur est un Monsieur Rhone. 43 Publications sur les douleurs chroniques ("Pain"[Mesh] AND "Chronic Disease"[Mesh]) OR "chronic pain"[TIAB] 44 Publications concernant le beaufort (seulement le fromage) beaufort [tiab] AND cheese [mesh] ou beaufort cheese* [tiab] Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 96/103 Ne pas mettre beaufort [All Fields] car beaucoup d’auteurs et de lieux portent ce nom 45 Publications en français concernant les centres d’information et de documentation et les bibliothèques (toutes categories confondues) "information centers"[MeSH Terms] AND French[lang] 46 Publications en français sur la recherche d’informations sur Pubmed et le MesH "Medical Subject Headings"[Mesh] OR "PubMed"[Mesh] AND French[lang] 47 Relations entre rythme circadien et cortisol ou mélatonine chez l’humain "Circadian Rhythm"[Mesh] AND ("Hydrocortisone"[Mesh] OR "Melatonin"[Mesh]) AND "humans"[MeSH Terms] 48 Méta-analyses sur le traitement des troubles de l’érection par le Viagra Viagra[tiab] AND "Erectile Dysfunction/drug therapy"[Mesh] AND MetaAnalysis[ptyp] 49 Revues systématiques de la littérature sur le traitement de la dépression avec le Prozac "Depression/drug therapy"[Mesh] OR "Depressive Disorder/drug therapy"[Mesh] AND Prozac[tiab]) AND systematic[sb]. Pour trouver les “Systematics Reviews”, aller dans la rubrique “Clinical Queries”, puis dans “Find Systematics Reviews” et entrer les termes Mesh dans la barre de recherché. 50 Articles sur les infections nosocomiales écrits par des personnes affiliées à l’Hôpital Edouard Herriot "cross infection"[MeSH Terms] AND "Edouard Herriot"[AD] 51 Consommation d’alcool et binge drinking chez les adolescents en France (("Alcohol Drinking"[Majr] OR "Alcohol-Related Disorders"[Majr] OR binge[tiab]) AND "Adolescent"[Mesh]) AND "France"[Mesh] 52 L’alcool au volant chez les jeunes, articles en français ("alcohol drinking"[MeSH Terms] OR "alcoholism"[MeSH Terms]) AND ("automobile driving"[MeSH Major Topic] OR "accidents, traffic"[MeSH Major Topic]) AND French[la] AND ("adolescent"[MeSH Terms] OR "adult"[MeSH Terms:noexp]) Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 97/103 53 Essais randomisés et contrôlés realisés sur l’utilisation d’implants vasculaires (sauf les stents) dans le cadre d’un anévrisme de l’aorte, parus depuis 1985. ("1985/01/01"[PDAT] : "3000"[PDAT]) AND "Blood Vessel Prosthesis"[Mesh] NOT "Stents"[Mesh] AND "Aortic Aneurysm"[Mesh] AND "Randomized Controlled Trial "[Publication Type] Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 98/103 13. Pour aller plus loin… Voici une sélection de sites et de documents vous permettant d’approfondir vos recherches 13.1 Sur Pubmed 13.1.1 Tutoriels Pubmed : formation à l’utilisation Françoise Dailland - Service Commun de la Documentation, Université Paris Descartes . – 2009. Consulté le 10/05/2011 http://www.bu.univ-paris5.fr/IMG/File/PubmedFEV2009FORMIST.pdf L’information en Santé. Pubmed – recherche avancée. Françoise Dailland - Service Commun de la Documentation, Université Paris Descartes – 2010. Consulté le 10/05/2011 http://www.bu.univparis5.fr/IMG/File/C2isante_Master1_Pubmed2_271010.pdf Pubmed. Médiathèque Scientifique de l’Institut Pasteur – 2010. Consulté 10/05/2011 http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/services/formations/pubmedweb.pdf le Pubmed Tutoriel Guillemette Utard-Wlérick Isabelle Poisot Bibliothèque Interuniversitaire de Santé – Paris – Pôle Médecine / Odontologie – 2011. Consulté le 10/05/2011 http://www.biusante.parisdescartes.fr/medecine/formation/PUBMED1fev201 1.pdf Pubmed Help National Center for Biotechnology Information - Consulté le 10/05/2011 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3830/ NCBI Help Manual National Center for Biotechnology Information - Consulté le 10/05/2011 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3831/ Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 99/103 Aide à la recherche dans le CISMeF CISMeF - 2009. Consulté le 10/05/2011 http://www.chu-rouen.fr/cismef/aide/indexaccueil.html 13.1.2 Ouvrages et articles Bibliographie médicale : 20 fiches pratiques, 100 équations pour optimiser vos recherches dans Medline-PubMed. Philippe Eveillard. Paris, ESTEM, 2003, 112 p. Articles écrits par Philippe Eveillard, dans la Revue du Praticien Disponibles en ligne (sur abonnement) sur www.egora.fr Documentation Centrale des HCL. 13.1.3 ou à la Blogs Blogue CISMef. Consulté le 10/05/2011 http://www.cismef.org/cismef/blog/ Le blog de phe (Philippe Eveillard). Consulté le 10/05/2011 http://docedu.fr/WordPress/ La Doc du Doc : le blogue du Dr Michel Arnould. Consulté le 10/05/2011 http://docdudoc.over-blog.com/ BiUM Blog : un autre regard sur la Bibliothèque Universitaire de Médecine de Lausanne. Consulté le 10/05/2011 http://www.bium.ch/blog/?cat=20 Pubmed New and Noteworthy. (informations sur mises à jour de Pubmed). Consulté le 10/05/2011 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi?ChanKey=PubMedNews Discoblog, rubrique NCBI ROFL. (les références les plus insolites trouvées dans Medline). Consulté le 10/05/2011 http://blogs.discovermagazine.com/discoblog/ Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 100/103 13.2 Analyse de la littérature et evidence based medicine Guide d’analyse de la littérature et gradation des recommandations Haute Autorité de Santé – 2000. Consulté le 10/05/2011 http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_434715/guide-danalyse-de-lalitterature-et-gradation-des-recommandations Grille d’évaluation de la qualité des recommandations pour la pratique clinique. Traduction française de la grille AGREE (Appraisal of Guidelines for Research and Evaluation Instrument) Haute Autorité de Santé 2009. Consulté le 10/05/2011 http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_430333/grille-devaluation-de-laqualite-des-recommandations-pour-la-pratique-clinique-traduction-francaisede-la-grille-agree-appraisal-of-guidelines-for-research-and-evaluationinstrument Lecture critique des essais cliniques Michel Cucherat Service de Biostatistique et Service de Pharmacologie Clinique - EA643 Faculté de Médecine Laennec Université Lyon 1 – Hospices Civils de Lyon 2002. Consulté le 10/05/2011 http://www.spc.univ-lyon1.fr/lecture-critique/index.htm Evidence-Based Medicine : la médecine fondé sur les preuves Guillemette Utard Bibliothèque Interuniversitaire de Santé – Paris – Pôle Médecine / Odontologie 2011. Consulté le 10/05/2011 http://www.biusante.parisdescartes.fr/medecine/formation/EBMBIUSante_ja nv2011.pdf Introduction à l'Evidence-Based Medicine (EBM) - Université de Liège, bibliothèque de la faculté de médecine -2002. Consulté le 10/05/2011 http://www.ebm.lib.ulg.ac.be/prostate/ebm.htm Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 101/103 14. Informations supplémentaires et crédits Contacter la Documentation Centrale Si vous avez des remarques à faire sur ce manuel, adressez les à Florence Poncet Documentation Centrale des Hospices Civils de Lyon : 3-5 avenue Esquirol 69424 Lyon CEDEX 03 [email protected] lyon.fr 04-72-11-29-69 (31-29--69) Rédaction Florence Poncet Relecture Florence Bouriot, Rosy Gébleux, Caroline Giroudon, Frédéric Riondet Conditions d’utilisation Ce document est sous contrat Creative Commons Paternité-Partage Paternité des Conditions Initiales à l'Identique l'Ident 2.0 France License. Vous êtes libres : • de reproduire, distribuer et communiquer cette création au public, • de modifier cette création Selon les conditions suivantes : Paternité.. Vous devez citer le nom de l'auteur original de la manière indiquée par l'auteur de l'oeuvre ou le titulaire des droits qui vous confère cette autorisation (mais pas d'une manière qui suggérerait qu'ils vous soutiennent ou approuvent votre utilisation de l'oeuvre). Partage des Conditions Initiales à l'Identique. l'Identique. Si vous vou modifiez, transformez ou adaptez cette création, vous n'avez le droit de distribuer la création qui en résulte que sous un contrat identique à celui-ci. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 102/103 • • • A chaque réutilisation ou distribution de cette création, vous devez faire apparaître clairement au public les conditions contractuelles de sa mise à disposition. Chacune de ces conditions peut être levée si vous obtenez l'autorisation du titulaire des droits sur cette oeuvre. Rien dans ce contrat ne diminue ou ne restreint le droit moral de l'auteur ou des auteurs. Hospices Civils de Lyon - Documentation Centrale - 3-5 avenue Esquirol - 69424 Lyon cedex 03 Tel : 04-72-11-29-99 Fax : 04 72 11 29 87 [email protected] http://portailsante.univ-lyon1.fr 103/103