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Version 1.1 (August 28, 2009)
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6.1.9 Background subtraction (from stacked image) . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.10 Extracting 2D spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.11 Wavelength calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.12 Flat color-term correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.13 (local) Background subtraction (from extracted 2D spectra) . . . . . . . .
6.1.14 Spectral tilt correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.15 Spectral response calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.16 Notes on slit spectroscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
How to install and to set-up the IRC spectroscopy pipeline . . . . . . . . . . . .
6.2.1 Data preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Calibration data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3.1 Calibration files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Running the pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4.1 Data reduction order . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4.2 Running the pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4.3 Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4.4 Outputs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4.5 Summary of interactive operations within the pipeline . . . . . . . . . . .
6.4.6 Warning messages of the pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Working on the pipeline output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5.1 Displaying the whole images on ds9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5.2 Displaying the extracted images on ATV . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5.3 Checking for wavelength zero reference point with the zero-th order light
image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5.4 Spectral plotting tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.5.5 Working on saved data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
(Hopefully) Useful Tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6.1 Getting best S/N spectra in slit (Ns, Nh) or Np spectroscopy data . . . . .
6.6.2 Tackling narrow spikes seen in NIR spectra (especially in slit spectra) . . .
6.6.3 Examining strange/fake features in NP spectra, especially around 2.4-3.5
μm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6.4 Examining flux level (in)consistency among different disperser data . . . .
Appendix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.1 Variable name conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.2 Summary of Commands and their Options . . . . . . . . . . . . . . . . .
Error messages when running the pipeline and Troubleshooting . . . . . . . . . .
Tips for the Phase 3 data reduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.1 AOT IRCZ4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.2 Spectroscopic performance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.3 Dark current, linearity, and hot pixels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.4 Response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.5 New options for the phase 3 data reduction . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.6 Installation and usage of the toolkit for phase 3 . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.7 Known problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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