Download ESPResSo User's Guide

Contents
1 Introduction
1.1 Guiding principles . . . . . .
1.2 Available simulation methods
1.3 Basic program structure . . .
1.4 On units . . . . . . . . . . . .
1.5 Requirements . . . . . . . . .
1.6 Syntax description . . . . . .
2 First steps
2.1 Quick installation . . . . . .
2.2 Running ESPResSo . . . . .
2.3 Creating the first simulation
2.4 tutorial.tcl . . . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
. . . .
. . . .
script
. . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
7
. 7
. 8
. 9
. 9
. 10
. 10
.
.
.
.
.
.
.
.
12
12
13
13
19
3 Getting, compiling and running ESPResSo
3.1 Running configure . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 make: Compiling, testing and installing ESPResSo .
3.3 Running ESPResSo . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4 myconfig.h: Activating and deactivating features
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
20
20
22
23
24
4 Setting up particles
4.1 part: Creating single particles . . .
4.2 Creating groups of particle . . . . .
4.3 constraint: Setting up constraints .
4.4 Virtual sites . . . . . . . . . . . . . .
4.5 Grand canonical feature . . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
26
26
30
36
39
41
.
.
.
.
.
.
.
43
43
49
52
55
59
60
61
5 Setting up interactions
5.1 Isotropic non-bonded interactions . .
5.2 Anisotropic non-bonded interactions
5.3 Bonded interactions . . . . . . . . .
5.4 Object-in-fluid interactions . . . . .
5.5 Bond-angle interactions . . . . . . .
5.6 Dihedral interactions . . . . . . . . .
5.7 Coulomb interaction . . . . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
3