Download FirstDiscovery Command Reference Manual

Concept Index
Coordinates, reading internal or cartesian
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Coulomb-vdW interaction energy, Glide
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101, 146
Counterions, adding to a system . . . . . . 27
Create task . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Creating lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
Creating new molecular types (residues)
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Creating solvent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Creating tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
Crosslinking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Crosslinks, automatically creation of . . 27
Crosslinks, forcing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Cutoff, molecular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Cutoffs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Cutoffs, read . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
D
Data directories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Data representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Data structures, lists . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Data Visualizer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
Decision making . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Defining the model potential . . . . . . . . . . 41
Delete H atom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Dependencies, machine . . . . . . . . . . . . . . . 76
dice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Dielectric constant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Disposition of arrays . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Distance constraints . . . . . . . . . . . . . . 39, 49
Distance, bond . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
Distance-dependent dielectric . . . . . . . . . 40
Distances between atoms in “close
contact”, print . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Distances between sets of points . . . . . 198
Distances in H-bonds, print . . . . . . . . . . 158
DNA, building the molecular structure of
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
DNA, specifying the secondary structure
(A, B, Z) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
DNA, specifying the secondary structure
of . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
DOCK task . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Docking a single conformation . . . . . . . 108
Docking grid setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Docking multiple ligands . . . . . . . . . . . . 114
Docking task . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
342
Docking, communication with other tasks
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Docking, conformation generation for
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Docking, output of . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
Docking, reporting results of . . . . . . . . . 147
Docking, running the calculation . . . . . 150
Docking, similarity scoring for . . . . . . . 140
Docking, smoothing functions for . . . . 129
Docking, specifying minimization phase of
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Docking, specifying parameters for . . . 138
Docking, specifying screening phase of
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Docking, specifying the ligand for . . . . 135
Docking, specifying the receptor for . . 131
Documentation, online . . . . . . . . . . . . . . . 16
Dynamic, analyze dynamic properties in
mdanalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
Dynamics task . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Dynamics, input control parameters . . . 77
Dynamics, read . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Dynamics, run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Dynamics, write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
E
Electrostatic potential . . . . . . . . . . . . . . . 162
Energies, printing the . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Energy parameters, reading . . . . . . . . . . . 38
Energy, analyze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Ewald summation . . . . . . . . . . . . 42, 43, 262
Examining skipped rough-score sites
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101, 145
F
Fast Multipole Method . . . . 38, 39, 40, 42,
43, 317
Files, open and close data files . . . . . . . 168
Files, specifying . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Filters and parameters for Glide scoring
function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Find root-mean-square deviation between
two conformations . . . . . . . . . . . . . . 159
Flexible docking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Flow control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
FMM . . . . . . . . . . . . . . . . . 38, 39, 40, 42, 43
Force field . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Force field terms, printing . . . . . . . . . . . . 32
Force field, setting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
FirstDiscovery 3.0 Command Reference Manual