Download JAGS Version 3.3.0 user manual

Contents
1 Introduction
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2 Running a model in JAGS
2.1 Definition . . . . . . . . . . . .
2.1.1 Model definition . . . .
2.1.2 Data . . . . . . . . . . .
2.1.3 Node Array dimensions
2.2 Compilation . . . . . . . . . . .
2.3 Initialization . . . . . . . . . .
2.3.1 Parameter values . . . .
2.3.2 RNGs . . . . . . . . . .
2.3.3 Samplers . . . . . . . .
2.4 Adaptation and burn-in . . . .
2.5 Monitoring . . . . . . . . . . .
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3 Running JAGS
3.1 Scripting commands . . . .
3.1.1 MODEL IN . . . . .
3.1.2 DATA IN . . . . . .
3.1.3 COMPILE . . . . .
3.1.4 PARAMETERS IN
3.1.5 INITIALIZE . . . .
3.1.6 UPDATE . . . . . .
3.1.7 ADAPT . . . . . . .
3.1.8 MONITOR . . . . .
3.1.9 CODA . . . . . . . .
3.1.10 EXIT . . . . . . . .
3.1.11 DATA TO . . . . . .
3.1.12 PARAMETERS TO
3.1.13 SAMPLERS TO . .
3.1.14 LOAD . . . . . . . .
3.1.15 UNLOAD . . . . . .
3.1.16 LIST MODULES . .
3.1.17 LIST FACTORIES .
3.1.18 SET FACTORY . .
3.1.19 MODEL CLEAR . .
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