Download Development of a protein quantification algorithm for data analysis

Contents
1 Introduction
1.1 Project definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Document structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 Proteomics Quantification
2.1 Mass spectrometry . . .
2.2 Quantification . . . . . .
2.2.1 Concepts . . . . .
2.2.2 Phases . . . . . .
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3 The proteomics quantification algorithm
3.1 Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.1 Labels . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.2 Peak in time finding . . . . . . .
3.1.3 Isotopic distribution abundance .
3.1.4 Noise . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.5 Peptide treatment . . . . . . . . .
3.1.6 Area . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.7 Output . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Quantification methods . . . . . . . . . .
3.2.1 Batch quantification . . . . . . .
3.2.2 Cross quantification . . . . . . . .
3.2.3 Single quantification . . . . . . .
3.3 Algorithm costs . . . . . . . . . . . . . .
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4 Algorithm design
4.1 Use cases . . . . . . . .
4.2 Software architecture . .
4.3 Class diagram . . . . . .
4.4 Implementation decisions
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5 The proteomics quantification module
5.1 Requirements . . . . . . . . . . . . . .
5.1.1 Functional requirements . . . .
5.1.2 Non-functional requirements . .
5.2 Design . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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