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Contents
1 Introduction
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2 Theoretical background
2.1 Mapping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Boltzmann inversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2.1 Separation of bonded and non-bonded degrees of freedom
2.3 Iterative methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4 Iterative Boltzmann Inversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5 Inverse Monte Carlo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.6 Force Matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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3 Input files
3.1 Mapping files . . . . . . . .
3.2 Verification of a mapping .
3.3 Advanced topology handling
3.4 Trajectories . . . . . . . . .
3.5 Setting files . . . . . . . . .
3.6 Table formats . . . . . . . .
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4 Preparing coarse-grained runs
4.1 Generating a topology file for a coarse-grained run . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Post-processing of the potential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Alternatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5 Boltzmann Inversion
5.1 Generating exclusion lists . . . .
5.2 Statistical analysis . . . . . . . .
5.2.1 Distribution functions and
5.2.2 Correlation analysis . . .
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6 Force matching
6.1 Program input . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Program output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 Integration and extrapolation of .force files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7 Iterative methods
7.1 Iterative workflow control . . . . . .
7.1.1 Preparing the run . . . . . .
7.1.2 Starting the iterative process
7.1.3 Restarting and continuing . .
7.2 Iterative Boltzmann Inversion . . . .
7.2.1 Input preparation . . . . . .
7.3 Inverse Monte Carlo . . . . . . . . .
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