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Contents
1 Introduction
1.1 Contacting the authors . . . . . . . . .
1.2 Registering VMD . . . . . . . . . . . .
1.3 Citation Reference . . . . . . . . . . .
1.4 Acknowledgments . . . . . . . . . . . .
1.5 Copyright and Disclaimer Notices . . .
1.6 For information on our other software
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2 Hardware and Software Requirements
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2.1 Basic Hardware and Software Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2 Multi-core CPUs and GPU Acceleration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3 Tutorials
3.1 Rapid Introduction to VMD . . . .
3.2 Viewing a molecule: Myoglobin . .
3.3 Rendering an Image . . . . . . . .
3.4 A Quick Animation . . . . . . . . .
3.5 An Introduction to Atom Selection
3.6 Comparing Two Structures . . . .
3.7 Some Nice Represenations . . . . .
3.8 Saving your work . . . . . . . . . .
3.9 Tracking Script Command Versions
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of the GUI Actions
4 Loading A Molecule
4.1 Notes on common molecular file formats
4.2 What happens when a file is loaded? . .
4.3 Babel interface . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Raster3D file format . . . . . . . . . . .
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5 User Interface Components
5.1 Using the Mouse in the Graphics Window . .
5.1.1 Mouse Modes . . . . . . . . . . . . .
5.1.2 Pick Modes . . . . . . . . . . . . . . .
5.1.3 Hot Keys . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Using the Spaceball in the Graphics Window
5.2.1 Spaceball Driver . . . . . . . . . . . .
5.3 Using the Joystick in the Graphics Window .
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