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Jaguar User’s Guide
symmetry, use of in . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
wavefunction type selection in . . . . . . . . . . . . .60–61
Molden orbitals file (.molf file) output option . . . . . . . 115
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Molecular charge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
Molecular properties
calculating output from . . . . . . . . . . . . . . . . .102–106
Molecular properties, calculating . . . . . . . . . . . . . . .48–52
Molecular state keywords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
Molecular structure—see Geometry input or Geometry optimization
Møller-Plesset second-order perturbation theory—see MP2
MOPAC, interface from Jaguar to . . . . . . . . . . . . .133–136
Mouse functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
MP2 (Møller-Plesset second-order perturbation theory) . .
41–43, 148–152, 226
input keywords for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171
optimization output for local MP2 . . . . . . . . . .93–97
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
MQM basis set (.bas file) output option
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
mulk input type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Mulliken population analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . .51–52
ch program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
for basis functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .104–106
recalculating multipole moments from . . . . . . .50, 52
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Mulliken spin populations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
multip input type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Multiple Jaguar jobs
running from Jaguar interface . . . . . . . . . . . . . .29–31
running with jaguar batch . . . . . . . . . . . . . . .230–235
Multiplicity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Multiplicity keywords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
Multipole moments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50, 102–103
calculating . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .50, 130
ch program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
ESP fitting
constraining to reproduce multipole moments 49,
103, 104, 131
recalculating multipole moments from . . 49, 50,
104
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
lmp2dip program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
Mulliken population analysis, recalculating multipole
moments from . . . . . . . . . . . . . 50, 52, 106
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .102–103
output in atomic units . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
tensors listed in output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
units in output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Multipole moments in atomic units also output option . 109
Murtagh-Sargent method
340
Index
Index
for Hessian refinement
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
for Hessian updating
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
N
Natural Bond Orbital calculations . . . . . . . . . 52, 229–230
NBO calculation, requesting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
NBO calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52, 229–230
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
nbo inpu file section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229
Neighbor ranges . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110, 244, 245–246
New geometry, inputting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8–9
Newton-Raphson step
output of maximum and RMS for geometry optimization
input keywords for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
Nice option for "jaguar run" command . . . . . . . . . . . . . 157
Nitrobenzene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
NLDA (non-local density approximation) . . . . . . . .39, 39
nmder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
Non-local density approximation (NLDA) . . . 39, 39, 153
Nuclear repulsion energy . . . . . . . . . .86, 89, 99, 100, 116
Nuclear-point charge energy from solvation calculations 99
Nuclear-solvent energy from solvation calculations . . . 100
nude program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
Number of iterations for geometry convergence, maximum
67, 97, 131
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Numeric updating of Hessian
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
Numerical gradient of energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
input keywords for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .178, 182
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .97–98
Numerical Hessian, printing in output . . . . . . . . . . . . . . 202
Numerical methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64, 139–142
.cutoff file determination of . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Numerical second derivative of energy . . . . . . . . . . . . . . 53
input keywords for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .182, 189
nude program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .106–107
updating
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
O
OCBSE convergence scheme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
onee program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
output from . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86, 95, 97
One-electron Hamiltonian output option . . . . . . . .110–111
input keyword for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
One-electron integrals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
calculation with program onee . . . . . . . . . . . . . . . 225
energy contribution listed in output . . . . . . . . .89, 116
for solvation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98, 100, 116
Open shell singlet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
Open-shell systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60–61, 192