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Contents
Chapter 1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
About This Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
QuantiGene ViewRNA Chemiluminescent Assay Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
How it Works . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
QuantiGene ViewRNA Chemiluminescent Assay Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Required Materials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene ViewRNA Chemiluminescent Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene ViewRNA Chemiluminescent Assay Kit Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene ViewRNA Chemiluminescent Assay Probe Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
(Optional) Upstream Cell Viability Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Required Materials Not Provided . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Chapter 2
Experimental Design and Assay Optimization. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Selecting the Appropriate Plate Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Optimizing Cell Number . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Assessing Background for New Projects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Using New Probe Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Optimizing Assay Conditions for a New Cell Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Chapter 3
Assay Procedures for Automated or Batch Processing . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Assay Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
Using a Residual Volume Assay Format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Important Procedural Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Preparing Reagents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Fixing Cells and Treating with Protease . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Performing Hybridizations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
(Optional) DNA Stain Standardization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Chapter 4
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
No or Weak Signals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Non-Uniform Signal Across the Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
High Background Signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Appendix A
Liquid Handling Recommendations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Fluidic Handling Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .21