Download TXTL matlab toolbox

Contents
1 The TXTL Modelling Toolbox
3
2 Installation
5
1.1
2.1
2.2
Protocol Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Prerequisites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Installing the toolbox . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 Examples
3.1
3.2
3.3
Gene Expression with Fluorescent Reporter (geneexpr)
3.1.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.2 Walk-through . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.3 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Negative Autoregulation (negautoreg) . . . . . . . . . . .
3.2.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.2 Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.3 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Induction of Gene Expression using aTc (induction) . . .
3.3.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3.2 Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3.3 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 Core Functionalities
4.1
User Commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 Appendix
5.1
Externally Specified Parameters
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2
3
5
5
6
6
6
6
8
9
9
9
10
10
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11
12
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