Download BD_BOX manual, version 2.2, Rigid

CONTENTS
4
Contents
1 Requirements
6
2 Installation
6
3 Rigid-body Brownian dynamics
9
3.1
Molecular Models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
3.2
Rigid-body Diffusion Tensor Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.3
Equations of Motions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.4
Rotations
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4 Intermolecular Interactions
12
4.1
Excluded Volume Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.2
Hydrophobic Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.3
4.2.1
FACTS Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.2.2
Primitive Approach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Electrostatic Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
4.3.1
Screened Coulombic Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
4.3.2
Polarization terms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
5 External Fields
17
5.1
Bounding Sphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.2
Electric Field . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
6 Overlaps
18
7 Running Simulations with bd rigid
18
7.1
Structure File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
7.2
Tensor File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
7.3
External Coordinates File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
7.4
Simulation Control File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24