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Contents
1 Introduction
2
2 Methods
2
3 Main features
3
4 Command-line options
3
4.1
General options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
4.2
IQP options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6
4.3
Model options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6
4.3.1
Rate heterogeneity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8
4.3.2
User-defined protein model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8
Other options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
4.4
5 Text-menu options
9
5.1
General options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
5.2
IQP options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
5.3
Substitution process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10
5.4
Rate heterogeneity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
12
6 Output files
12
7 Installation
13
7.1
Sequential Version - Binary release . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13
7.2
Sequential Version - Source package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
13
7.3
Parallel Version - Binary release . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14
7.4
Parallel Version - Source package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
14
8 Version History
15
1