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Table of Contents
1 Introduction
1
BLAST Software Registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
The BLAST Package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
BLAST Professional Features. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
How To Use This Manual. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
BLAST Technical Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2 The BLAST Environment
7
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Environment Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Command Line Switches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
BLAST in the Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
BLAST.OPT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
BLAST.OPT Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Using BLAST on a LAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Flow Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3 BLAST Quickstart
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Starting BLAST . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
The BLAST Screen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38