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1.2.3 1.2.4 1.2.5 1.2.6 1.2.7 2 3 About Individuals . . . . . . . . . . . . . About Fitnesses . . . . . . . . . . . . . . . Initializers and Finishers . . . . . . . . . . Evaluators and Problems . . . . . . . . . Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Implementing a Problem . . . . . . . . . Breeders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Breeding Pipelines and BreedingSources SelectionMethods . . . . . . . . . . . . . . BreedingPipelines . . . . . . . . . . . . . Setting up a Pipeline . . . . . . . . . . . . Exchangers . . . . . . . . . . . . . . . . . Statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Implementing a Statistics Object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Basic Evolutionary Processes 2.1 Generational Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.1.1 The Genetic Algorithm (The ec.simple Package) 2.1.2 Evolution Strategies (The ec.es Package) . . . . 2.2 Steady-State Evolution (The ec.steadystate Package) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 52 54 56 57 58 59 60 62 65 68 71 71 74 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77 77 77 81 84 Representations 3.1 Vector and List Representations (The ec.vector Package) . . . 3.1.1 Vectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.1.2 Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.1.3 Arbitrary Genes: ec.vector.VectorGene . . . . . . . . . 3.2 Genetic Programming (The ec.gp Package) . . . . . . . . . . . 3.2.1 GPNodes, GPTrees, and GPIndividuals . . . . . . . . 3.2.2 Basic Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.3 Defining the Representation, Problem, and Statistics . 3.2.4 Initialization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.5 Breeding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.6 A Complete Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.7 GPNodes in Depth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.8 GPTrees and GPIndividuals in Depth . . . . . . . . . 3.2.9 Ephemeral Random Constants . . . . . . . . . . . . . 3.2.10 Automatically Defined Functions and Macros . . . . 3.2.11 Strongly Typed Genetic Programming . . . . . . . . . Inside GPTypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.2.12 Parsimony Pressure (The ec.parsimony Package) . . . 3.3 Rulesets and Collections (The ec.rule Package) . . . . . . . . 3.3.1 RuleIndividuals and RuleSpecies . . . . . . . . . . . . 3.3.2 RuleSets and RuleSetConstraints . . . . . . . . . . . . 3.3.3 Rules and RuleConstraints . . . . . . . . . . . . . . . 3.3.4 Initialization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3.3.5 Mutation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 89 90 96 99 104 104 107 109 117 121 127 131 135 139 143 148 154 154 157 158 159 162 164 165 2 . . . . . . . . . . . .