Download JAGS Version 3.2.0 user manual
Transcript
3.2 3.1.20 3.1.21 3.1.22 3.1.23 Errors Print Working Directory Change Directory (CD) Directory list (DIR) . . RUN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Modules 4.1 The base module . . . . . . . 4.1.1 Base Samplers . . . . 4.1.2 Base RNGs . . . . . . 4.1.3 Base Monitors . . . . 4.2 The bugs module . . . . . . . 4.3 The mix module . . . . . . . 4.4 The dic module . . . . . . . . 4.4.1 The deviance monitor 4.4.2 The pD monitor . . . . 4.4.3 The popt monitor . . 4.5 The msm module . . . . . . . 4.6 The glm module . . . . . . . (PWD) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 16 17 17 17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 18 18 19 19 19 19 20 20 20 20 21 21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . arguments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 22 23 23 24 24 24 6 Distributions 6.1 Distribution aliases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 28 7 Differences between JAGS and OpenBUGS 7.0.1 Data format . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.0.2 Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . 7.0.3 Observable Functions . . . . . . . . . . . 7.0.4 Data transformations . . . . . . . . . . . 7.0.5 Directed cycles . . . . . . . . . . . . . . . 7.0.6 Censoring, truncation and prior ordering . 31 31 31 31 33 34 34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 Functions 5.1 Base functions . . . . . . . . . . . . . . . 5.2 Functions in the bugs module . . . . . . . 5.2.1 Scalar functions . . . . . . . . . . . 5.2.2 Scalar-valued functions with vector 5.2.3 Vector- and array-valued functions 5.3 Function aliases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 Feedback 37 9 Acknowledgments 38 2