Download JAGS Version 3.2.0 user manual

Transcript
3.2
3.1.20
3.1.21
3.1.22
3.1.23
Errors
Print Working Directory
Change Directory (CD)
Directory list (DIR) . .
RUN . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . .
4 Modules
4.1 The base module . . . . . . .
4.1.1 Base Samplers . . . .
4.1.2 Base RNGs . . . . . .
4.1.3 Base Monitors . . . .
4.2 The bugs module . . . . . . .
4.3 The mix module . . . . . . .
4.4 The dic module . . . . . . . .
4.4.1 The deviance monitor
4.4.2 The pD monitor . . . .
4.4.3 The popt monitor . .
4.5 The msm module . . . . . . .
4.6 The glm module . . . . . . .
(PWD)
. . . . .
. . . . .
. . . . .
. . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
16
16
17
17
17
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
18
18
18
19
19
19
19
20
20
20
20
21
21
. . . . . . .
. . . . . . .
. . . . . . .
arguments
. . . . . . .
. . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
22
22
23
23
24
24
24
6 Distributions
6.1 Distribution aliases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28
28
7 Differences between JAGS and OpenBUGS
7.0.1 Data format . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.0.2 Distributions . . . . . . . . . . . . . . . .
7.0.3 Observable Functions . . . . . . . . . . .
7.0.4 Data transformations . . . . . . . . . . .
7.0.5 Directed cycles . . . . . . . . . . . . . . .
7.0.6 Censoring, truncation and prior ordering .
31
31
31
31
33
34
34
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
5 Functions
5.1 Base functions . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Functions in the bugs module . . . . . . .
5.2.1 Scalar functions . . . . . . . . . . .
5.2.2 Scalar-valued functions with vector
5.2.3 Vector- and array-valued functions
5.3 Function aliases . . . . . . . . . . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
8 Feedback
37
9 Acknowledgments
38
2