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Contents
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Introduction
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Installation – Linux
2.1 Quick Guide . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Installation of the Java components . . .
2.2.1 Setting the CLASSPATH . . . . .
2.3 Making the MCR available under Linux
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Running TICO on a Linux platform
3.1 Using the bash-script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Running the Java main class of TICO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Installation – Windows
4.1 Quick Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Running TICO on a Windows platform
5.1 Starting TICO with the batch-script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Running the Java main class of TICO under Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2.1 Adjusting the paths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Configuration of TICO
6.1 Commandline Parameters and Configuration File
6.1.1 Commandline parameters . . . . . . . . . .
6.1.2 Configuration file .tico . . . . . . . . . .
6.2 Configure the Logging . . . . . . . . . . . . . . . .
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Input and Output formats
7.1 Input formats . . . . . . . . . . . . .
7.1.1 GLIMMER predictions . . . . .
7.1.2 »Simple coord« format . . . .
7.1.3 Sequence format . . . . . . .
7.2 Output formats . . . . . . . . . . . .
7.2.1 Adapted GLIMMER format . .
7.2.2 General Feature Format (GFF)
7.2.3 »Simple coord« format . . . .
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Troubleshooting
8.1 Java Memory Error . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2 Java virtual machine errors . . . . . . . . . . . . . . .
8.3 Running the MATLABR Compiler generated program
8.4 For TICO with Mail-interface . . . . . . . . . . . . . . .
Visualization of the Weights (since TICO2.1)
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