Download Random Effects in AD Model Builder - available

Contents
Contents
1 Introduction
1.1
Summary of features . . . . . . . . . .
1.1.1 Model formulation . . . . . . . .
1.1.2 Computational basis of admb-re
1.1.3 The strengths of admb-re . . . .
1.1.4 Program interface . . . . . . . . .
1.1.5 How to obtain admb-re . . . . .
ii
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
2 The Language and the Program
2.1
What is ordinary admb? . . . . . . . . . . . . .
2.1.1 Writing an admb program . . . . . . . . .
2.1.2 Compiling an admb program . . . . . . .
2.1.3 Running an admb-program . . . . . . . .
2.1.4 admb-ide: easy and efficient user interface
2.1.5 Initial values . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2
Why random effects? . . . . . . . . . . . . . . .
2.2.1 Statistical prerequisites . . . . . . . . . . .
2.2.2 Frequentist or Bayesian statistics? . . . . .
2.2.3 A simple example . . . . . . . . . . . . . .
2.3
A code example . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3.1 Parameter estimation . . . . . . . . . . . .
2.4
The flexibility of admb-re . . . . . . . . . . . .
3 Random Effects Modeling
3.1
The objective function . . . . . . . . . . .
3.2
The random effects distribution (prior) . .
3.2.1 Scaling of random effects . . . . . . .
3.3
Correlated random effects . . . . . . . . .
3.3.1 Large structured covariance matrices
3.4
Non-Gaussian random effects . . . . . . . .
3.4.1 Can a, b, and c be estimated? . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
1-1
1-2
1-2
1-3
1-3
1-3
1-3
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
2-1
2-1
2-1
2-2
2-3
2-3
2-4
2-4
2-4
2-5
2-5
2-6
2-8
2-8
.
.
.
.
.
.
.
3-1
3-1
3-2
3-2
3-3
3-4
3-4
3-5
ii