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Contents
1 Quick Start
1.1 Linux, MacOS X and Solaris . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 Introduction
3 Detailed Instructions for Configuring and Installing the Library
3.1 Instructions for Linux, MacOS X and Solaris . . . . . . . . . . . . .
3.2 Instructions for Microsoft Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4 SBML Classes in C
4.1 Primitive Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Object Creation and Destruction . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Accessing Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5 Enumerations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.6 Abstract Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.7 Fields Inherited from SBase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8 Typecodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 Reading and Writing SBML Files
5.1 A Simple Example of Reading SBML . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 XML Schema Validation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Writing SBML Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6 Handling of Mathematical Formulas and MathML
6.1 Reading and Writing Formulas in Text-String Form . . . . . . . . .
6.2 Reading Formulas in MathML Form: MathMLDocument t and ASTs
6.3 Differences between SBML Level 1 Formulas and MathML . . . . .
6.4 Additional Notes about the Handling of Mathematical Formulas . .
7 Levels of SBML
8 Checking the Consistency of SBML Models
9 Special Considerations and Known Issues
9.1 Conformance to SBML . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9.2 Issues Related to XML Parsers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10 Acknowledgments
A Lists and ListOf t
B Abstract Syntax Trees and ASTNode t
B.1 Methods for Manipulating AST Nodes . . . . . . . . . . . . . . . .
B.2 Notes about ASTNode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References
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