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4 Working with the Gel File
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Displaying the Gel File in the Gel File Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
About the Gel File Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
Checking the Gel File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12
Adjusting the Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-19
Adjusting Lane Markers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-25
Adjusting Tracker Lines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-31
Tracking Lanes in the Gel File and Extracting the Data. . . . . . . . . . . . . . . 4-39
Saving Gel Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-46
Printing the Gel Image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-48
When a Fifth Dye Is Used. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-48
5 Processing Sample Files
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
About the Sample Manager Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-3
Adding Sample Files to the Sample Manager Window . . . . . . . . . . . . . . . . 5-8
Moving and Removing Sample Files from the Sample Manager Window 5-12
Changing the Processing Parameter Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-14
Navigating the Sample Manager Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-17
Processing the Sample Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-20
Checking for Processing Problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-22
6 The Processing Parameters
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
Parameters in the Sample Manager Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-2
The Sample File Name Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-3
The Sample Name Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-4
The A Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-5
The F Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-6
The P Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-7
The Basecaller Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-8
The Spacing Parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-9
iv