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Contents
1 Welcome to NIMBLE
1.1 Why something new? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 What does NIMBLE do? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3 How to use this manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 Lightning introduction
2.1 A brief example . . . . . . . . .
2.2 Creating a model . . . . . . . .
2.3 Compiling the model . . . . . .
2.4 Creating, compiling and running
2.5 Customizing the MCMC . . . .
2.6 Running MCEM . . . . . . . .
2.7 Creating your own functions . .
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3 More Introduction
3.1 NIMBLE adopts and extends the BUGS language for specifying models . . .
3.2 The NIMBLE language for writing algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 The NIMBLE algorithm library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 Getting started
4.1 Requirements to run NIMBLE . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2.1 Using your own copy of Eigen . . . . . . . . . . . .
4.2.2 Using libnimble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2.3 LAPACK and BLAS . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2.4 Problems with Installation . . . . . . . . . . . . . .
4.2.5 RStudio and NIMBLE . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Installing a C++ compiler for R to use . . . . . . . . . . .
4.3.1 OS X . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3.2 Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3.3 Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Customizing Compilation of the NIMBLE-generated Code
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a basic MCMC
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