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CONTENTS
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5.1.1 Resolve repeats using reads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Remove weak edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Remove dead ends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Resolve repeats without conflicts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
31
Resolve repeats with conflicts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.2 Automatic paired distance estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.3 Optimization of the graph using paired reads
. . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.4 AGP export . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.5 Bubble resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.6 Converting the graph to contig sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.1.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.2 Randomness in the results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.3 Specific characteristics of CLC bio's algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.4 SOLiD data support in de novo assembly
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.5.1 Specifying the data for the assembly and how it should be used . . . . . .
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5.5.2 Specifying information for the assembly . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.5.3 Specifying information about the outputs . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.5.4 Other options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.5.5 Example commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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5.5 Command line options
6 Reporting tools
6.1 The clc_sequence_info Program
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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
46
6.2 The clc_mapping_table Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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6.3 The clc_mapping_info Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7 Assembly post-processing tools
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7.1 The clc_change_cas_paths Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7.2 The clc_filter_matches Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7.3 The clc_extract_consensus Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7.4 The clc_find_variations Program
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7.5 The clc_join_mappings Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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7.6 The clc_submapping Program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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