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2
R topics documented:
add.individuals . . . . . . .
add.markers . . . . . . . . .
codeGeno . . . . . . . . . .
create.gpData . . . . . . . .
create.pedigree . . . . . . .
crossVal . . . . . . . . . . .
discard.individuals . . . . .
discard.markers . . . . . . .
gpData2cross . . . . . . . .
gpData2data.frame . . . . .
gpMod . . . . . . . . . . . .
kin . . . . . . . . . . . . . .
LDDist . . . . . . . . . . .
LDMap . . . . . . . . . . .
manhattanPlot . . . . . . . .
MME . . . . . . . . . . . .
pairwiseLD . . . . . . . . .
plot.LDdf . . . . . . . . . .
plot.LDmat . . . . . . . . .
plot.pedigree . . . . . . . .
plot.relationshipMatrix . . .
plotGenMap . . . . . . . . .
plotNeighbourLD . . . . . .
predict.gpMod . . . . . . . .
read.vcf2list . . . . . . . . .
read.vcf2matrix . . . . . . .
simul.pedigree . . . . . . . .
simul.phenotype . . . . . . .
summary.cvData . . . . . .
summary.gpData . . . . . .
summary.gpMod . . . . . .
summary.LDdf . . . . . . .
summary.pedigree . . . . . .
summary.relationshipMatrix
summaryGenMap . . . . . .
write.beagle . . . . . . . . .
write.plink . . . . . . . . . .
write.relationshipMatrix . .
write.vcf . . . . . . . . . . .
[.GenMap . . . . . . . . . .
[.relationshipMatrix . . . . .
Index
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