Download User Manual

Contents
Chapter 1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
About This User Manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Who This Manual is For . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
What This Manual Covers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Safety Warnings and Precautions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Contacting Affymetrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Technical Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
About the QuantiGene Plex DNA Reagent System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene Plex DNA Assay Specifications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene Plex DNA Assay Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
QuantiGene Plex DNA Reagent System Contents and Storage Conditions . . . . . . . . . . . . . . .4
QuantiGene Plex DNA Assay Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Required Reagents and Equipment Not Provided . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Reagents and Equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Chapter 2
Assay Terminology and Data Analysis Guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Assay Terminology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Assay Precision . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Assay Limit of Detection (LOD) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Limit of Quantification (LOQ) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Assay Linearity/Accuracy of Fold Change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Guidelines for Assay Optimization, Assay Design, and Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Optimizing Lysis Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Optimizing Sample Input for QuantiGene Plex DNA Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Assay Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Assay Replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Calculating DNA Copy Number . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Chapter 3
QuantiGene Plex DNA Assay Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
About the Assay Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Sample Preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Instrument and Equipment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Target DNA Capture (Day 1) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Signal Amplification and Detection of Target DNA (Day 2) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Instrument and Equipment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Luminex Setup and Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Adjusting Luminex Probe Height for Use with Magnetic Separation Plates . . . . . . . . . . . . 14