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Optimizing the Probe Concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Recommended Probe Concentrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Using Multiplex PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Multiplex in Contrast to Singleplex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Primer Limiting in Multiplex Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Section 3.2 Selecting a Data Analysis Approach and Determining Results . . . . . . 3-25
In This Section . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-25
Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-26
General Process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-26
Resources for Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-26
Relative or Absolute Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
What Is Relative Quantification? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Calculation Methods for Relative Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
What Is Absolute Quantification? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Calculation Methods for Absolute Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Terms Used . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
For More Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Relative Standard Curve Method for Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Endogenous Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
How to Perform the Relative Standard Curve Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Example of the Relative Standard Curve Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Comparative CT Method for Relative Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Relative Efficiency of Target and Reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
How to Perform the Comparative CT Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Example of the Comparative CT Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Multiplex PCR (Same-Tube) Method for Relative Quantification . . . . . . . . . . . . . . . .
Advantages of Multiplex PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
About Multiple Reporter Dyes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
About Multicomponenting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
About Primer Limitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
How to Perform Multiplex PCR with the Relative Standard Curve Method . . . . .
Example of Multiplex PCR with the Relative Standard Curve Method . . . . . . . . .
How to Perform Multiplex PCR with the Comparative CT Method . . . . . . . . . . .
Example of Multiplex PCR with the Comparative CT Method . . . . . . . . . . . . . . .
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Standard Curve Method for Absolute Quantification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
How to Perform the Absolute Standard Curve Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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November 13, 2003 12:42 pm, Chem 4348358ATOC.fm
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