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QuantiGene® ViewRNA ISH Tissue 2-Plex Assay User Manual
High Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Fast Red Signal for TYPE 1 Target is Weak or Different in 2-Plex Versus 1-Plex . . . . . . . . . 25
TYPE 1 Target Signals are also Observed in the Channel for TYPE 6 Target . . . . . . . . . . . 25
Colocalized Fast Blue and Fast Red Signals When Only TYPE 6 Probe Set is Used in the 2-Plex
Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
Appendix A
Assay Optimization Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
About the Optimization and Typical Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Optimization Procedure Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Optimization Experimental Design Layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Important Procedural Notes and Guidelines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .28
Essential Keys for a Successful Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Sample Preparation and Target Probe Hybridization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Appendix B
Assay Optimization Lookup Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Appendix C
Modified Protocols for 1-Plex Assay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
About this Appendix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Appendix D
Using Frozen Tissues with the QG ViewRNA ISH Tissue 2-Plex Assay . . . . . 37
About This Appendix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Important Procedural Notes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Modifications to Part 1: Sample Preparation and Target Probe Hybridization . . . . . . . . . . 37
Appendix E
Templates for Drawing the Hydrophobic Barrier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41