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Contents
1 INTRODUCTION
1
1.1
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1
1.2
Main Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3
1.2.1
Population models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
1.2.2
The Individual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
1.2.3
Genetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6
1.2.4
Statistics and outputs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
Using Nemo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7
1.3.1
Launching Nemo from the command line . . . . . . . . . . . .
8
1.3.1.1
For Linux and Mac OS X users . . . . . . . . . . . .
8
1.3.1.2
For Windows users . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
1.3
1.3.2
Batch mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2 THE INIT FILE
12
2.1
Parameter types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2
Special characters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.3
Matrix parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.4
Sequential parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.5
External argument files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.6
Temporal arguments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.7
Output files and naming conventions . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3 SIMULATION COMPONENTS
3.1
21
Simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
i