Download Guide, Axiom Genotyping Solution Analysis

Contents
Chapter 1
Introduction to Axiom® Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
About this Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
Purpose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
Prerequisites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
Analysis Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .6
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9
Chapter 2
Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Axiom® Array Terminology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
Marker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
What is a SNP Cluster Plot for AxiomGT1 Genotypes? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10
Chapter 3
Best Practices Genotyping Analysis Workflow. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Design the Study to Avoid Experimental Artifacts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Execute the Required Steps of the Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14
Step 1: Group Sample Plates into Batches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14
Step 2. Generate Sample “DQC” Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Step 3: QC the Samples, Based on DQC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
Step 4: Generate Sample QC Call Rate Using Step1.AxiomGT1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
Step 5: QC the Samples Based on QC Call Rate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
Step 6: QC the Plates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
Step 7: Genotype Passing Samples and Plates Over Step2.AxiomGT1 SNPs . . . . . . . . . . .18
Step 8: Execute SNP QC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19
Step 8A: Create SNP QC Metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19
Step 8B: Classify SNPs Using QC Metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19
Step 8C: Create a Recommended SNP List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .22
Evaluate SNP Cluster Plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .23
Well-clustered vs Mis-clustered SNP Cluster Plot Patterns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24
Multi-cluster SNP Cluster Plot Patterns . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24
Allo-polyploid SNP Cluster Plot Pattern . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26
SNP Cluster Plot Patterns for Inbred Populations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Chapter 4
Additional Genotyping Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Manually Change Genotypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .28
Adjust Genotype Calls for OTV SNPs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .28
Genotyping Auto-tetraploids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29
Increase the Stringency for Making a Genotype Call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .29