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Contents
1 Introduction
1.1 Updates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Operating System and Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3 R Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2 Data Setup
2.1 Example Data . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Creating a Genotype Matrix . . . . . .
2.3 Preview Missing Data: summaryGeno
2.4 Random Numbers and Setting Seed .
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3 Haplotype Frequency Estimation: haplo.em
3.1 Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Example Usage . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 Summary Method . . . . . . . . . . . . . .
3.4 Control Parameters for haplo.em . . . . . .
3.5 Haplotype Frequencies by Group Subsets .
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4 Power and Sample Size for Haplotype Association Studies
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4.1 Quantitative Traits: haplo.power.qt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4.2 Case-Control Studies: haplo.power.cc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
5 Haplotype Score Tests: haplo.score
5.1 Quantitative Trait Analysis . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Binary Trait Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Ordinal Trait Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4 Haplotype Scores, Adjusted for Covariates . . . . . .
5.5 Plots and Haplotype Labels . . . . . . . . . . . . . .
5.6 Skipping Rare Haplotypes . . . . . . . . . . . . . . .
5.7 Score Statistic Dependencies: the eps.svd parameter
5.8 Haplotype Model Effect . . . . . . . . . . . . . . . .
5.9 Simulation p-values . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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6 Regression Models: haplo.glm
6.1 New and Updated Methods for haplo.glm . . . . . . . . . . .
6.2 Preparing the data.frame for haplo.glm . . . . . . . . . . . .
6.3 Rare Haplotypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4 Regression for a Quantitative Trait . . . . . . . . . . . . . .
6.5 Fitting Haplotype x Covariate Interactions . . . . . . . . . . .
6.6 Regression for a Binomial Trait . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6.1 Caution on Rare Haplotypes with Binomial Response
6.7 Control Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.1 Controlling Genetic Models: haplo.effect . . . . . . . .
6.7.2 Selecting the Baseline Haplotype . . . . . . . . . . . .
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