Download User Manual MUscle SImulation COde

CONTENTS
2
Contents
1 Introduction
4
2 Installation/Build
4
2.1
Installation Windows XP/Cygwin . . . . . . . . . . . . . . . .
4
2.1.1
Installing Cygwin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5
2.1.2
Compiling the deal.II FEM framwork . . . . . . . . . .
8
2.1.3
Compiling the stochastic code . . . . . . . . . . . . . . 11
2.2
Installation Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.3
Macintosh OS-X
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3 Preliminaries
11
3.1
The Protocol File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.2
Protocol File Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.3
Global Simulation Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.4
Numerics
3.5
Output Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.5.1
rates.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.5.2
states.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.5.3
version.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.5.4
result.txt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.5.5
distrib.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.5.6
displacement.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.5.7
filaments.dat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
4 Muscle Lattices
33
4.1
Linear Lattice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
4.2
Vertebrae Lattice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
4.3
David Smith’s Lattice
4.4
Flight Muscle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39