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Contents
1 Introduction
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1.1 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.2 System requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2 Basic usage
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2.1 Handling passwords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2 Referring to files: the CLC URL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2.1 Data on your local system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
2.2.2 Data on the server . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.3 Result files and connecting analyses in pipelines . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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3 Example script
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