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Contents
1 One-page manual
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1.1 Stack initialization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.2 Image segmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.3 Image registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1.4 Model rendering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2 Usage manual
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2.1 Typical usage cycle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2 Creating and saving stacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2.1 Creating stacks: the simple method . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2.2 Saving stacks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.2.3 Creating stacks: advanced methods . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.3 Stack browsing and image display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.4 Image segmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.4.1 Creating a new model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8
2.4.2 Creating a new item . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.4.3 Editing an existing model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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2.4.4 Editing an existing item . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
2.4.5 Automatic image segmentation in 2D . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.4.6 Automatic image segmentation in 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
2.4.7 Transferring segmentations between stacks . . . . . . . . . . . . . . 12
2.4.8 Filtering objects based on containment analysis
. . . . . . . . . . . 12
2.5 Image registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.5.1 Display . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.5.2 Geometric transformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.6 Displaying 3D reconstructions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.6.1 Geometric transformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.6.2 Model display properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.6.3 Storing and restoring poses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.6.4 Capturing rendering scenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.6.5 Exporting 3D reconstructed models . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.7 Quantitative analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.7.1 Two-dimensional analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
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