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2.7.2 Three-dimensional analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.7.3 Slice-by-slice analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.7.4 Saving and exporting results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.8 Model registration and averaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.8.1 Registering and averaging 3D models . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.8.2 Spatial normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.8.3 Statistical density estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3 Reference manual
19
3.1 Stack Description File (SDF) format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.2 Main window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2.1 Stack and slice browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2.2 Tool bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2.3 Image canvas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.3 Registration window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.3.1 Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.3.2 Command panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.4 Model dialog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.4.1 Model properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.4.2 Item properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.5 Rendering window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.5.1 Menu bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.5.2 Tool bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.5.3 Command panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
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