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wurden mit Hilfe der Programme Weblogo (http://weblogo.berkeley.edu) und Improbizer
(http://users.soe.ucsc.edu/~kent/improbizer/improbizer.html)
durchgeführt.
Sequenzierte
cDNA-Fragmente der gleichen Sequenz wurden dabei in VAMP 1.7.5 als grün-markierte
reads dargestellt (Abbildung 32). Eine Anhäufung dieser cDNA-Fragmente lässt auf eine
hohe mRNA-Konzentration schließen. Eine sprunghafte Erhöhung der 5‘-TranskriptKonzentration, die in der Nähe eines Gens stattfindet, deutet auf einen Transkriptionsstartpunkt hin.
A
CMM_2485
60 k
40 k
20 k
B
CMM_2510
20 k
40 k
60 k
80 k
Abbildung 32: Analyse von Transkriptionsstartpunkten mittels VAMP 1.7.5. Eine hohe
Konzentration von cDNA-Fragmenten und somit der entsprechenden 5‘-Transkripte wurde als
Anhäufung von reads (grün) dargestellt (untere Hälfte des Fensters). Ein sprunghafter
Anstieg der reads deutet auf einen Transkriptionsstartpunkt hin. A: Transkriptionsstartpunkt
auf dem „+“-Strang der DNA, etwa 90 Basen stromaufwärts des Startcodons von CMM_2485.
B: Transkriptionsstartpunkt auf dem „-“-Strang der DNA, identisch mit dem Startcodon von
CMM_2510. Es handelt sich um ein leaderless-Transkript ohne Ribosomen-Bindestelle. k:
1.000 reads
Etwa 90 Nukleotide stromaufwärts von CMM_2485 war eine Erhöhung der read-Zahl auf
50.000 zu erkennen (Abbildung 32, A und Tabelle 17), was auf einen Transkriptionsstartpunkt
hinweist. Mit dem Erreichen des Startcodons von CMM_2510 stieg die read-Zahl auf 80.00087.000 an (Abbildung 32, B und Tabelle 17). CMM_2510 liegt auf dem „-“-Strang der DNA,
was in VAMP 1.7.5 durch eine Darstellung unterhalb der Lokalisationsachse zu erkennen ist.
Da eine hohe Anzahl an 5‘-Transkripten mit dem Startcodon von CMM_2510 zusammen