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höchstens 6-fache höher waren als in TBY-Medium (Daten nicht gezeigt). Dazu gehörten
zum Beispiel die Gene ppaC und chpF, die für Serinproteasen kodieren sowie die Gene
pelA1 und pelA2, die für Pektat-Lyasen kodieren. In dieser Arbeit wurde somit nicht
beobachtet, dass Minimalmedium ausreicht, um eine deutliche Veränderung der Transkriptmengen wichtiger Virulenzgene in C. michiganensis subsp. michiganensis hervorzurufen.
4.4.3.3 Vergleich: synthetisches Medium (XMM) mit und ohne Acetosyringon
In vorherigen Experimenten wurden nur für wenige Virulenzfaktoren von C. michiganensis
subsp. michiganensis veränderte Transkriptmengen in XMM-Medium festgestellt. Eine
Erklärung hierfür könnte sein, dass die Zusammensetzung des XMM-Mediums nicht
ausreichte, um einer veränderte Genexpression auszulösen. Der Zusatz bestimmter
Substanzen zu dem Medium könnte jedoch eine Expressionsänderung Substanz-spezifischer
Gene zur Folge haben. In A. tumefaciens dient die phenolische Substanz Acetosyringon als
Signal für die Expression von Virulenzgenen und wird bei einer Verwundung der Pflanze nach
außen abgegeben (Engström et al., 1987; Baker et al., 2005). Um die mögliche Rolle von
Acetosyringon in der Virulenzgenregulation von Cmm382 zu überprüfen, wurden in dieser
Arbeit erneut Microarray-Experimente durchgeführt. Dem Xylemsaft-imitierenden Medium
XMM wurden dabei 20 µM Acetosyringon (AS) (M. Thran, Universität Erlangen-Nürnberg,
mündliche Mitteilung, 2012) zugefügt. Anschließend wurden die Transkriptmengen in den
Medien XMM und XMM + AS verglichen. Abbildung 23 zeigt die prozentuale Zuordnung der
Gene, die eine veränderte Transkriptmenge zeigten, zu den einzelnen COG-Gruppen.
HöhereTranskriptmenge
(270)
NiedrigereTranskriptmenge
(198)
16%
20%
36%
5%
36%
9%
6%
6%
33%
33%
5% 4%
3%
6%
3%
11%
0%
48%
20%
6%
COG-Gruppe IV:
7%
53%
23%
I: Metabolismus
II: Zelluläre Prozesse
III: Informationsspeicherung und
-prozessierung
IV: Potentiell relevant in der
phytopathogenen Interaktion
V: Unzureichend charakterisiert
11%
Transporter
Proteintransport
Regulatoren
Stress
Resistenz
Extrazelluläre Enzyme
Intrazelluläre Proteasen
Abbildung 23: Prozentuale Zuordnung der Cmm382-Gene aus DNA-MicroarrayExperimenten, deren mRNA-Level in XMM-Medium + Acetosyringon (AS) höher bzw.
niedriger war als in XMM-Medium. Die Transkriptmengen von 270 Genen waren in XMMMedium + AS höher, die von 198 Genen niedriger als in XMM-Medium. Dargestellt sind die
COG-Hauptgruppen sowie die COG-Gruppe IV.