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Contents 1. Overview 1.1. Specification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.2. Access . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.3. File System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2. Quick Start 2.1. Access the HPC Cluster . . . . . . . . . . . . 2.1.1. From within the UOW campus . . . . 2.1.2. From the outside of UOW campus . . 2.2. Work at the HPC Cluster . . . . . . . . . . . 2.2.1. Being familiar with the environment . 2.2.2. Setup the working space . . . . . . . 2.2.3. Initialize the computational task . . . 2.2.4. Submit your job and check the results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 6 7 7 9 9 9 9 10 10 11 11 14 3. Software 17 3.1. Software Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 3.2. Software Environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 3.3. Software List . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 4. Queue System 4.1. Queue Structure . . . . . . . . . . 4.1.1. Normal queue . . . . . . . 4.1.2. Special queues . . . . . . 4.1.3. Schedule policy . . . . . . 4.2. Job Management . . . . . . . . . 4.2.1. PBS options . . . . . . . . 4.2.2. Submit a batch job . . . . 4.2.3. Check the job/queue status 4.2.4. Submit an interactive job . 4.2.5. Submit workflow jobs . . 4.2.6. Delete jobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 22 22 23 23 23 23 25 27 29 30 31 5. Utilization Agreement 32 5.1. Policy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 5.2. Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 5.3. Contact Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 Appendices 35