Download UOW High Performance Computing Cluster User's Guide

A. Access the HPC cluster from Windows clients
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A.1. Putty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
A.2. Configure ‘Putty’ with UOW proxy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
A.3. SSH Secure Shell Client . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
B. Enable Linux GUI applications using Xming
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B.1. Install Xming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
B.2. Configure ‘Putty’ with ‘Xming’ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
B.3. Configure ‘SSH Secure Shell Client’ with ‘Xming’ . . . . . . . . . . . . 44
C. Transfer data between the Windows client and the HPC cluster
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C.1. WinSCP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
C.2. SSH Secure File Transfer Client . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
D. Transfer data at home (off the Campus)
D.1. Windows OS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
D.2. Linux or Mac OS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
D.2.1. Transfer data from your home computer to the HPC cluster
D.2.2. Transfer data from the HPC cluster to your home computer
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E. Selected Linux Commands
F. Software Guide
F.1. Parallel Programming Libraries/Tools . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.1.1. Intel MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.1.2. MPICH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.1.3. OpenMPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.2. Compilers & Building Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.2.1. CMake . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.2.2. GNU Compiler Collection (GCC) . . . . . . . . . . . . . . .
F.2.3. Intel C, C++&Fortran Compiler . . . . . . . . . . . . . . . .
F.2.4. Open64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.2.5. PGI Fortran/C/C++ Compiler . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.3. Scripting Languages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.3.1. IPython . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.3.2. Java . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.3.3. Perl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.3.4. Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.4. Code Development Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.4.1. Eclipse for Parallel Application Developers . . . . . . . . . .
F.5. Math Libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.5.1. AMD Core Math Library (ACML) . . . . . . . . . . . . . . .
F.5.2. Automatically Tuned Linear Algebra Software (ATLAS) . . .
F.5.3. Basic Linear Algebra Communication Subprograms (BLACS)
F.5.4. Basic Linear Algebra Subroutines (BLAS) . . . . . . . . . .
F.5.5. Boost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.5.6. FFTW . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
F.5.7. The GNU Multiple Precision Arithmetic Library (GMP) . . .
F.5.8. The GNU Scientific Library (GSL) . . . . . . . . . . . . . .
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