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Contents
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
About This Guide. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
Related Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii
Thermo Scientific
Chapter 1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
QuickQuan Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
QuickQuan Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Chapter 2
Selecting QuickQuan Data Sources and Databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3
About the QuickQuan Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
About the Data Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Selecting a File Data Source. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Creating a File Data Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Chapter 3
Defining the Compounds and Drug Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11
Defining the Compounds in the Database. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Manually Adding or Editing Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Importing Compounds Using a Text File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Deleting Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Defining the Drug Sets in the Database. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Adding Drug Sets Manually . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Importing Drug Sets Using a Text File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Deleting Drug Sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Viewing Compound and Drug Set Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Chapter 4
Optimizing Your Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .23
Understanding the Compound Optimization Process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Setting Up for Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Reusing Optimization Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Specifying Tune and Method Files and Optimization Settings . . . . . . . . . . . 25
Setting Up the Tune Plate for Compound Optimization. . . . . . . . . . . . . . . . 27
Using the Tune Plate Graphic to Add Drug Sets Manually . . . . . . . . . . . . . 28
Importing Tune Plate Information Using a Text File . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Running the Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
QuickQuan User Guide
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