Download BioSeD - Biological Sequences Database

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Contents
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1 Introduction
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2 Related Work
2.1 Genotator . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 BioDAS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.3 EnsMart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4 CBS Genome Atlas Database . . . . . . . .
2.5 Extensible open source content management
2.6 GenDB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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3 System objects
3.1 Sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Labels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 Taxonomies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 Design
4.1 Architecture . . . . . . . . . . . .
4.2 Relational Model . . . . . . . . .
4.2.1 User tables . . . . . . . .
4.2.2 Taxonomy hierarchy . . .
4.2.3 Sequence, labels and label
4.2.4 Miscellaneous tables . . .
4.3 File formats . . . . . . . . . . . .
4.3.1 FASTA . . . . . . . . . .
4.3.2 XML . . . . . . . . . . . .
4.4 Query language . . . . . . . . . .
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5 Implementation
5.1 Technology . . . . . . .
5.2 Authentication . . . . .
5.3 Recording modifications
5.4 Tables and views . . . .
5.5 Database optimizations
5.6 Label generation . . . .
5.7 Search . . . . . . . . . .
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and frameworks .
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