Download BioSeD - Biological Sequences Database

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6 Default information
6.1 Labels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Ranks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 Taxonomy name types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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45
47
48
7 User Interface
7.1 Grid component . . . . .
7.2 Query interface . . . . . .
7.3 Written query interface .
7.4 Sequence . . . . . . . . . .
7.5 Changing sequence labels
7.6 Batch uploading . . . . .
7.7 Taxonomy tree browsing .
7.8 Histograms . . . . . . . .
7.9 Loading screens . . . . . .
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8 Results
8.1 Sequence import . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.2 Multiple sequence annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
8.3 Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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62
62
63
9 Conclusion
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5.8
5.9
5.10
5.11
5.12
5.13
5.14
5.7.1 Query trees . . . . . . . .
5.7.2 The transform label . . .
5.7.3 Parsing written queries .
Linking DNA and proteins . . . .
Exporting data . . . . . . . . . .
Importing data . . . . . . . . . .
Search operations . . . . . . . . .
5.11.1 Histogram generation . .
5.11.2 Subsequence generation .
Storing system wide information
Importing the NCBI database . .
Resetting the database . . . . . .
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A User manual
A.1 Installation . . . . . . . . .
A.2 Labels . . . . . . . . . . . .
A.2.1 Creating new labels
A.2.2 Import / Export . .
A.3 Sequences . . . . . . . . . .
A.3.1 Labels page . . . . .
A.3.2 Batch . . . . . . . .
A.4 Taxonomies . . . . . . . . .
A.4.1 Managing trees . . .
A.4.2 Managing ranks . .
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