Download Watson TSQ Module 1.0 User Guide Version A

C
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
Related Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii
Special Notices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .viii
System Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .ix
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . x
Thermo Scientific
Chapter 1
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
Watson Feature Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
TSQ Module Feature Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
Watson/LCquan-Xcalibur/TSQ Module Workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Watson/LCquan-Xcalibur/TSQ Module Sequence of Steps . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Watson/TSQ Module/Watson Run Management . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Chapter 2
Watson: Submitting Runs to the TSQ Module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .7
Creating a Peak Integration Instrument. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Creating an Instrument Stack . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Specifying Devices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Tune, Method, and Processing Method Files in LCquan and Xcalibur . . . . . . . 12
Setting up the Master Assay. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Working with a Watson Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
Chapter 3
TSQ Module: System Administration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .19
Managing the Environments.xml File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Communicating with the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Exporting Method Files to a Common Folder. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Exported LCquan Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
Auditing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Audit Trail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
User Permissions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Using E-Signatures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Chapter 4
TSQ Module: Getting Started . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Setting up in the Watson Application . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Starting the TSQ Module Application. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Watson TSQ Module User Guide
iii