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CONTENTS
1
Front matter
1.1 Notice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2 Copyright . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3 Trademarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Preface
2.1 Intended audience .
2.2 Prerequisites . . . .
2.3 Format conventions
2.4 About the equations
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Key Concepts
3.1 What is Desmond?
3.2 Forces . . . . . .
3.3 Particles . . . . .
3.4 Force fields . . . .
3.5 Space . . . . . . .
3.6 Time . . . . . . .
3.7 Dynamics . . . . .
3.8 Using Desmond .
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Running Desmond
4.1 About configuration . . . . . . . .
4.2 Invoking Desmond . . . . . . . . .
4.3 Running Desmond in parallel . . .
4.4 Configuring Desmond applications
4.5 Naming output files . . . . . . . .
4.6 Configuring the built-in plugins . .
4.7 Configuring optional sections . . .
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The Global Cell
5.1 Parallelization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2 Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Migration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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39
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43
6
Preparing a structure file
6.1 Converting a Desmond 2.0/2.2 structure file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Preparing a Desmond DMS file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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46
7
Calculating Force and Energy
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3
4
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